Locus 1676

Sequence ID	2L_DroMel_CAF1
Location	4,555,280 – 4,555,440
Length	160
Max. P	0.955391

overview

Window 2

Location	4,555,280 – 4,555,400
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	89.50
Mean single sequence MFE	-56.32
Consensus MFE	-49.16
Energy contribution	-48.75
Covariance contribution	-0.41
Combinations/Pair	1.28
Mean z-score	-2.25
Structure conservation index	0.87
SVM decision value	1.45
SVM RNA-class probability	0.955391
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 4555280 120 - 22407834
AUGUCUGUGCCCAGCUGCAAUGUGGCCCCAAUGCGGAAUGUGUUCCGAAGGGCCACGUGGCGCAGUGUGCAUGCCGCAGCGGCUACGAUGGCCAACCCGCCGACCGGGUGGCCGGCUGUA
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>DroVir_CAF1 75 120 - 1
AUGUGUGCGCUCAGCUGCAGUGUGGCCCCAAUGCGGAAUGUGUUCCGAAAGGUCAUGUGGCGCACUGUGCAUGUCGCAAUGGCUACGACGGCCAACCCGCUGACCGGCUGGCCGGUUGCA
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>DroPse_CAF1 75 120 - 1
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......(((((((...((.(((((((((.....(((((....)))))..))))))))).))....)))))..(((.....))).....((((((.((((.....)))))))))))).... ( -57.60)
>DroGri_CAF1 75 120 - 1
ACGUGUGCGCCCAUCUACAAUGUGGCCCCAAUGCGGAAUGUGUUCCGAAAGGUCAUGUGGCGCACUGUGCAUGCCGCAAUGGCUACGACGGCCAACCCGCUGACCGGGUGGCCGGCUGCA
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>DroAna_CAF1 75 120 - 1
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..((((((((...(((((.(((((((((.....(((((....)))))..)))))))))...)))))))))).((((...))))...)))(((((.((((.....)))))))))....... ( -59.60)
>DroPer_CAF1 75 120 - 1
AUGUCUGCGCACAACUGCAAUGUGGCCCCAACGCGGAAUGUGUUCCGAAGGGCCACAUCGCUCACUGUGCAUGCCGCAUGGGCUACGACGGCCAACCCGCUGACCGGGUGGCCGGCUGUA
......(((((((...((.(((((((((.....(((((....)))))..))))))))).))....)))))..(((.....))).....((((((.((((.....)))))))))))).... ( -57.60)
>consensus
AUGUCUGCGCCCAGCUGCAAUGUGGCCCCAACGCGGAAUGUGUUCCGAAGGGCCACGUGGCGCACUGUGCAUGCCGCAACGGCUACGACGGCCAACCCGCUGACCGGGUGGCCGGCUGUA
....(((((((........(((((((((.....(((((....)))))..))))))))))))))))..((((.(((((....))......((((.(((((.....)))))))))))))))) (-49.16 = -48.75 +  -0.41)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 3

Location	4,555,320 – 4,555,440
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	85.72
Mean single sequence MFE	-50.25
Consensus MFE	-42.66
Energy contribution	-42.05
Covariance contribution	-0.61
Combinations/Pair	1.36
Mean z-score	-2.47
Structure conservation index	0.85
SVM decision value	1.18
SVM RNA-class probability	0.927208
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 4555320 120 - 22407834
GCCGCAUGCACCAAAACCAAUGGGGUGGCCAAGUGCCGCGAUGUCUGUGCCCAGCUGCAAUGUGGCCCCAAUGCGGAAUGUGUUCCGAAGGGCCACGUGGCGCAGUGUGCAUGCCGCAGC
((.((((((((.........(((((((((.....)))))(....)....))))(((((.(((((((((.....(((((....)))))..)))))))))...))))))))))))).))... ( -59.10)
>DroVir_CAF1 115 120 - 1
GCCGCAUGUACCAAGACUAACGGAGUACCCAAAUGCCAGGAUGUGUGCGCUCAGCUGCAGUGUGGCCCCAAUGCGGAAUGUGUUCCGAAAGGUCAUGUGGCGCACUGUGCAUGUCGCAAU
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>DroPse_CAF1 115 120 - 1
GCUGCAUGCACCAAAACUAACGGCGUGGCCAAGUGUCACGAUGUCUGCGCACAACUGCAAUGUGGCCCCAACGCGGAAUGUGUUCCGAAGGGCCACAUCGCUCACUGUGCAUGCCGCAUG
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>DroGri_CAF1 115 120 - 1
GCUGCAUGCACCAAGACUAACGGUGUGCCCAAGUGCCAAGACGUGUGCGCCCAUCUACAAUGUGGCCCCAAUGCGGAAUGUGUUCCGAAAGGUCAUGUGGCGCACUGUGCAUGCCGCAAU
((.((((((((........(((.((.((......))))...)))(((((((........((((((((......(((((....)))))...))))))))))))))).)))))))).))... ( -47.50)
>DroMoj_CAF1 106 120 - 1
GCUGCAUGUGUCAAGACCAAUGGUGUGCCCAAAUGUCAGGAUGUGUGCGCCCAGCUGCAAUGUGGCCCCAACGCGGAAUGUGUUCCGAAGGGUCACGUGGCGCACUGUGCGUGCCGCAAU
((.(((((((((..(((...(((.....)))...)))..)))..(((((((........(((((((((.....(((((....)))))..))))))))))))))))...)))))).))... ( -49.80)
>DroPer_CAF1 115 120 - 1
GCUGCAUGCACCAAAACUAACGGCGUGGCCAAGUGUCACGAUGUCUGCGCACAACUGCAAUGUGGCCCCAACGCGGAAUGUGUUCCGAAGGGCCACAUCGCUCACUGUGCAUGCCGCAUG
((.((((((((........(((.((((((.....)))))).)))..(((((....))).(((((((((.....(((((....)))))..))))))))).)).....)))))))).))... ( -51.80)
>consensus
GCUGCAUGCACCAAAACUAACGGCGUGCCCAAGUGCCACGAUGUCUGCGCCCAGCUGCAAUGUGGCCCCAACGCGGAAUGUGUUCCGAAGGGCCACGUGGCGCACUGUGCAUGCCGCAAU
((.((((((((..........((.....))..............(((((((........(((((((((.....(((((....)))))..)))))))))))))))).)))))))).))... (-42.66 = -42.05 +  -0.61)

alignment

secondary structure

dotplot

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