Locus 1666

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 4,519,402 – 4,519,522
Length 120
Max. P 0.506751
window2666

overview

Window 6

Location 4,519,402 – 4,519,522
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 84.11
Mean single sequence MFE -47.09
Consensus MFE -31.71
Energy contribution -31.52
Covariance contribution -0.19
Combinations/Pair 1.37
Mean z-score -2.10
Structure conservation index 0.67
SVM decision value -0.05
SVM RNA-class probability 0.506751
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 4519402 120 - 22407834
AUGACGAGUGCCAGAACCAUCUUUCCUGUCAGCAGGAGCGCUGCGUGGAUCCGUGCCCCGGAUCGUGUGGUAGCAACGCCAUCUGCCAGGUGGUGCAGCACAAUGCUGUAUGCUCCUGCG
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>DroPse_CAF1 35049 120 - 1
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>DroGri_CAF1 35705 120 - 1
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>DroEre_CAF1 34638 120 - 1
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>DroMoj_CAF1 42932 120 - 1
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>DroAna_CAF1 34860 120 - 1
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>consensus
ACGACGAGUGCCAAAACCAUCUGUCCUGCCAGCAGGAGCGCUGCGUGGAUCCGUGCCCUGGCUCAUGCGGCAGCAACGCCAUCUGCCAGGUGGUGCAGCACAAUGCUGUCUGCUCCUGCG
...............................(((((((((..((((.......(((((((((....(((((......)))))..))))))....))).....))))....))))))))). (-31.71 = -31.52 +  -0.19)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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