| Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 4,482,200 – 4,482,320 |
| Length | 120 |
| Max. P | 0.658395 |
| Location | 4,482,200 – 4,482,320 |
|---|---|
| Length | 120 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 76.94 |
| Mean single sequence MFE | -48.90 |
| Consensus MFE | -26.19 |
| Energy contribution | -27.83 |
| Covariance contribution | 1.64 |
| Combinations/Pair | 1.39 |
| Mean z-score | -1.77 |
| Structure conservation index | 0.54 |
| SVM decision value | 0.26 |
| SVM RNA-class probability | 0.658395 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 4482200 120 + 22407834 ACCAGGACAGUCGGUAUCCAACUGGCAGAUGGGCUGUGGCGGCGGUCGGCAGUCCACGUAUGGAUUGCCCAGGAAAUCGACAGGACAGCGGCACACGGCCAGAUGGUUCUGAGCCCUGCA ..((((((.((((((.....)))))).....(((((((((.((.((((((((((((....)))))))))..(........)..))).)).)).))))))).....))))))......... ( -52.30) >DroVir_CAF1 21598 120 + 1 CGCUGGGCAGUCCGUAUCCAGUUUGCAAACGGGCUGUGGUUGUGGGCGACAGUCCACAUACGGAUUACCCAAGAAGUUCGACGGACAGCGGCACACGGCCAUAUGAUUUUGUGGGCGACA (((((((.(((((((((((((((((....))))))).)).(((((((....))))))))))))))).))).....(((.....))))))).....((.(((((......))))).))... ( -49.40) >DroPse_CAF1 41322 120 + 1 CGAGGGGCAGUCCGUGUCCAGCACGCAGACGGGCUGCGGCUGGGGACGGCAGUCCACGUAAGGAUUGCCAACAAAGUCGGAAGGACAGCGACAGACAGCCAGGUGGUUCUGGGGGCGGCA ......((.((((((.((((((.(((((.....))))))))))).))((((((((......))))))))......((((.........))))......(((((....))))))))).)). ( -55.00) >DroGri_CAF1 19144 120 + 1 AGCGGGACAAUCCGUAUCCAGUUUGCAAACGGGCUGUGGCUGCGGUCGGCAAGCCACAUAGGGAUUACCCAGGUAGUCUGGUGGGCAGCGGCACACAGCCAUAUGAUUCUGUGGACGACA .((((......)))).....(((..((....((((((((((((.(((((....)).(((..(((((((....))))))).)))))).))))).))))))).........))..))).... ( -49.12) >DroMoj_CAF1 21365 120 + 1 AGCAGGACAGUCCGUAUCCAGUUUGCAGACAGGUUGGGGCUCCGGGCGACAGUCCACAUAUGGAUUGCCAAUGAAAUCUGAUGGGCAGCGGCAAACGGCCAUGUGGUUCUGUGGACGACA .(((((((.(((((..(((((..((....))..)))))....))))).........(((((((.(((((..((...((....)).))..)))))....))))))))))))))........ ( -41.80) >DroAna_CAF1 21563 120 + 1 GGCGGGACAAUCCGUGUCCAGUUGGCAGAUGGGUUGCGGCGGAGGACGGCAGUCCACAUAGGGAUUGCCAAGGAAGUCGGCCGGACAGCGACACACAGCCAAGUGGUUUUGAGGUCGGCA (((....((((((((.(((....)).).))))))))(((((.....)((((((((......))))))))......)))))))......((((.((.((((....)))).))..))))... ( -45.80) >consensus AGCGGGACAGUCCGUAUCCAGUUUGCAGACGGGCUGUGGCUGCGGACGGCAGUCCACAUAGGGAUUGCCAAGGAAGUCGGAAGGACAGCGGCACACAGCCAUAUGGUUCUGUGGACGACA ..((((((.(((.(((.......))).))).(((((..(((((....((((((((......))))))))......(((.....))).)))))...))))).....))))))......... (-26.19 = -27.83 + 1.64)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:07:45 2006