Locus 1646

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 4,453,240 – 4,453,343
Length 103
Max. P 0.939199
window2640

overview

Window 0

Location 4,453,240 – 4,453,343
Length 103
Sequences 6
Columns 110
Reading direction forward
Mean pairwise identity 80.82
Mean single sequence MFE -24.55
Consensus MFE -14.69
Energy contribution -16.00
Covariance contribution 1.31
Combinations/Pair 1.15
Mean z-score -3.00
Structure conservation index 0.60
SVM decision value 1.28
SVM RNA-class probability 0.939199
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 4453240 103 + 22407834
--UAUAUCUAAGCUGUAAUUAUAGUAAGCUAU----AAAUAUAGUAGAUAAGUA-UCCUAAAAGACUUCCAGCUGCUCAAUGGGCAGCCACUUAGAGCUCUCCAGAGCAU
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>DroSec_CAF1 3692 103 + 1
--AAUAACUAAGCUGUAAUUAUAGUAAGCUAU----AAAUAUAGUAGAUAAGUA-UCCUAAAAGACCUCCAGCUGCUCAAUCGGCAGCCACUUAGAGCUCUCCAGAGCAU
--.....((((((((((.((((((....))))----)).)))))..........-................((((((.....))))))..))))).((((....)))).. ( -27.00)
>DroSim_CAF1 3152 103 + 1
--AAUAACUAAGCUGUAAUUAUAGUAAGCUAU----AAAUAUAGUAGAUAAGUA-UCCUAAAAGACUUCCAGCUGCUCAAUCGGCAGCCACUUAGAGCUCUCCAGAGCAU
--.....((((((((((.((((((....))))----)).)))))..........-................((((((.....))))))..))))).((((....)))).. ( -27.00)
>DroEre_CAF1 3738 99 + 1
--AAUA--------GUAACUAUAAUAAGCUAUAAAUACAUAUGGUAGAUAAGAA-UCCUAAAAGACCUCUAGCUGUUCAAUGGGCAGCCACUUGGAGCUCUCCAGAGCAU
--....--------.............((((((......)))))).........-(((....((....)).((((((.....)))))).....)))((((....)))).. ( -19.00)
>DroYak_CAF1 3741 103 + 1
--AAUAACUAAGCUGUAAUUAUAAAAAGCUAU----ACAUAUAGUAGAUAAUCA-UCCUAAAAGACCUCCAGCUGUUCAAUGGGCAGCCACUUGGAGCUCUCCAGAGCAU
--.........(((.(...........(((((----....))))).........-.......(((.(((((((((((.....))))))....))))).)))..).))).. ( -21.90)
>DroAna_CAF1 3806 97 + 1
GGAAAAACUUAACUAG----AUACUUAUUUAU----AAUUACAUUC-----UAGUCCUUAAAAAACUUCCAGCUGCUCAAUGGGCAACCACUUGGAGCUCUCCAGAGCAU
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>consensus
__AAUAACUAAGCUGUAAUUAUAGUAAGCUAU____AAAUAUAGUAGAUAAGUA_UCCUAAAAGACCUCCAGCUGCUCAAUGGGCAGCCACUUAGAGCUCUCCAGAGCAU
.......(((((...............(((((........)))))..........................((((((.....))))))..))))).((((....)))).. (-14.69 = -16.00 +   1.31)

alignment

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