Locus 1604

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 4,314,479 – 4,314,636
Length 157
Max. P 0.995558
window2574 window2575

overview

Window 4

Location 4,314,479 – 4,314,599
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 95.83
Mean single sequence MFE -35.79
Consensus MFE -33.01
Energy contribution -32.82
Covariance contribution -0.19
Combinations/Pair 1.06
Mean z-score -1.28
Structure conservation index 0.92
SVM decision value 0.93
SVM RNA-class probability 0.884316
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 4314479 120 + 22407834
GUGCCGGCACGUGUCAAGCACAAGGCGAUUACCGCCGGCGUCGUUGGGGGCAUCCUGUUUUUUAUUGUUGCGAUCAUUUUAUCGGUUUGUGCCGUAAAAAUUUGCAAUAAACGUAAACGA
..((((((..(((.....)))..((......)))))))).(((((.(((....)))........(((((((((...(((((.((((....)))))))))..))))))))).....))))) ( -39.60)
>DroVir_CAF1 44644 120 + 1
GUGCCGGCGCGUGUCAAACAUAAAGCUAUAACAGCCGGCGUCGUUGGGGGCAUCCUGUUUUUUAUUGUUGCGAUCAUUUUAUCGGUUUGUGCCGUAAAAAUUUGCAAUAAACGUAAACGA
..((((((..((..................)).)))))).(((((.(((....)))........(((((((((...(((((.((((....)))))))))..))))))))).....))))) ( -34.27)
>DroGri_CAF1 63636 120 + 1
GUGCCGGCCCGUGUCAAACAUAAAGCAAUAACAGCCGGCGUCGUUGGGGGCAUCCUGUUUUUUAUUGUUGCGAUCAUUUUAUCGGUUUGUGCCGUAAAAAUUUGCAAUAAACGUAAACGA
..((((((...(((..........)))......)))))).(((((.(((....)))........(((((((((...(((((.((((....)))))))))..))))))))).....))))) ( -33.20)
>DroWil_CAF1 79349 120 + 1
GUGCCGGCACGUGUCAAGCAUAAAGCUAUCACCGCCGGUGUCGUUGGGGGCAUCCUGUUUUUUAUUGUUGCGAUCAUUUUAUCGGUUUGUGCCGUAAAAAUUUGCAAUAAACGUAAACGA
..((((((..(((...(((.....)))..))).)))))).(((((.(((....)))........(((((((((...(((((.((((....)))))))))..))))))))).....))))) ( -37.40)
>DroMoj_CAF1 49621 120 + 1
GUGCCGGCGCGUGUCAAACAUAAAGCUAUAACAGCCGGCGUCGUUGGGGGCAUCCUGUUUUUUAUUGUUGCGAUCAUUUUAUCGGUUUGUGCCGUAAAAAUUUGCAAUAAACGUAAACGA
..((((((..((..................)).)))))).(((((.(((....)))........(((((((((...(((((.((((....)))))))))..))))))))).....))))) ( -34.27)
>DroAna_CAF1 46044 120 + 1
GUGCCGGCACGAGUCAAGCACAAGGCGAUAACCGCCGGCGUCGUUGGGGGCAUCCUGUUUUUUAUUGUUGCGAUCAUUUUAUCGGUUUGUGCCGUAAAAAUUUGCAAUAAACGUAAACGA
(((((..(((((.....((....((((.....)))).)).))).))..)))))..(((((....(((((((((...(((((.((((....)))))))))..)))))))))....))))). ( -36.00)
>consensus
GUGCCGGCACGUGUCAAACAUAAAGCUAUAACAGCCGGCGUCGUUGGGGGCAUCCUGUUUUUUAUUGUUGCGAUCAUUUUAUCGGUUUGUGCCGUAAAAAUUUGCAAUAAACGUAAACGA
..((((((..(((.....)))...(......).)))))).(((((.(((....)))........(((((((((...(((((.((((....)))))))))..))))))))).....))))) (-33.01 = -32.82 +  -0.19)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 5

Location 4,314,519 – 4,314,636
Length 117
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 94.09
Mean single sequence MFE -34.72
Consensus MFE -30.13
Energy contribution -30.13
Covariance contribution 0.00
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -2.87
Structure conservation index 0.87
SVM decision value 2.59
SVM RNA-class probability 0.995558
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 4314519 117 + 22407834
UCGUUGGGGGCAUCCUGUUUUUUAUUGUUGCGAUCAUUUUAUCGGUUUGUGCCGUAAAAAUUUGCAAUAAACGUAAACGACGAAAACAGGAAAAAGGUAACACUGAGGC--UAAAGCUA-
..(((...(((.((((((((((..(((((((((...(((((.((((....)))))))))..))))))))).((....))..))))))))))...((......))...))--)..)))..- ( -33.40)
>DroVir_CAF1 44684 116 + 1
UCGUUGGGGGCAUCCUGUUUUUUAUUGUUGCGAUCAUUUUAUCGGUUUGUGCCGUAAAAAUUUGCAAUAAACGUAAACGACGAAAACAGGAAAAAGGUAACACAGCC---GAAAUGCUA-
........((((((((((((((..(((((((((...(((((.((((....)))))))))..))))))))).((....))..))))))))))....(((......)))---....)))).- ( -34.90)
>DroGri_CAF1 63676 119 + 1
UCGUUGGGGGCAUCCUGUUUUUUAUUGUUGCGAUCAUUUUAUCGGUUUGUGCCGUAAAAAUUUGCAAUAAACGUAAACGACGAAAACAGGAAAAAGGUAACACAGACUUUCAAAAGCUG-
...(((..(((.((((((((((..(((((((((...(((((.((((....)))))))))..))))))))).((....))..))))))))))....(......).).))..)))......- ( -33.00)
>DroWil_CAF1 79389 119 + 1
UCGUUGGGGGCAUCCUGUUUUUUAUUGUUGCGAUCAUUUUAUCGGUUUGUGCCGUAAAAAUUUGCAAUAAACGUAAACGACGAAAACAGGAAAAAGGUAACACUAAGGC-GAAAAGCUAC
(((((..((...((((((((((..(((((((((...(((((.((((....)))))))))..))))))))).((....))..))))))))))....(....).))..)))-))........ ( -33.50)
>DroMoj_CAF1 49661 116 + 1
UCGUUGGGGGCAUCCUGUUUUUUAUUGUUGCGAUCAUUUUAUCGGUUUGUGCCGUAAAAAUUUGCAAUAAACGUAAACGACGAAAACAGGAAAAAGGUAACACAGGC---CAAAUGCUG-
........((((((((((((((..(((((((((...(((((.((((....)))))))))..))))))))).((....))..))))))))))....(((.......))---)...)))).- ( -34.50)
>DroPer_CAF1 88953 118 + 1
UCGUUGGGGGCAUCCUGUUUUUUAUUGUUGCGAUCAUUUUAUCGGUUUGUGCCGUAAAAAUUUGCAAUAAACGUAAACGACGAAAACAGGAAAAAGGUAACACUGAGGC-CCAGAGCUA-
..(((..((((.((((((((((..(((((((((...(((((.((((....)))))))))..))))))))).((....))..))))))))))...((......))...))-))..)))..- ( -39.00)
>consensus
UCGUUGGGGGCAUCCUGUUUUUUAUUGUUGCGAUCAUUUUAUCGGUUUGUGCCGUAAAAAUUUGCAAUAAACGUAAACGACGAAAACAGGAAAAAGGUAACACAGACGC_CAAAAGCUA_
........(((.((((((((((..(((((((((...(((((.((((....)))))))))..))))))))).((....))..))))))))))....(....)..............))).. (-30.13 = -30.13 +   0.00)

alignment

Postscript

secondary structure

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