| Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 4,256,277 – 4,256,392 |
| Length | 115 |
| Max. P | 0.608314 |
| Location | 4,256,277 – 4,256,392 |
|---|---|
| Length | 115 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 117 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 79.37 |
| Mean single sequence MFE | -34.70 |
| Consensus MFE | -19.78 |
| Energy contribution | -21.70 |
| Covariance contribution | 1.92 |
| Combinations/Pair | 1.19 |
| Mean z-score | -1.76 |
| Structure conservation index | 0.57 |
| SVM decision value | 0.15 |
| SVM RNA-class probability | 0.608314 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 4256277 115 + 22407834 C--AUGCGUCUGGCAUUGGUGGCUAUCACCCAUCCGGCAUAAUUGAUUGCAAACAGUGUUGCAGUUGCAGAUAGUCGGCUGUAUCAGCAGUGCAUCUAGCUGCAACAUAUACAAUAC .--....(.((((.((.((((.....)))).)))))))...((((..(((((......)))))(((((((.(((..((((((....))))).)..))).))))))).....)))).. ( -34.50) >DroSec_CAF1 11009 115 + 1 C--GAGCGUCUGGCAUCGGUGGCUAUCACCCAUCCGGCAUAAUUGAUUGCAAACAGUGUUGCAGUUGCAGAUAGUCGGCUGCAUCAGCAGUGCAUCUAUCUGCAAAAUAUACAAUAC .--....(.((((.((.((((.....)))).)))))))...(((((((((((......)))))))(((((((((..((((((....))))).)..))))))))).......)))).. ( -38.00) >DroSim_CAF1 12191 115 + 1 C--GAGCGUCUGGCAUCGGUGGCUAUCGCCCAUCCGGCAUAAUUGAUUGCAAACAGUGUUGCAGUUGCAGAUAGUCGGCUGCAUCAGCAGUGCAUCUAGCUGCAACAUAUACAAUAC .--..(((.(((....(((.(((....)))...)))(((........)))...)))...))).(((((((.(((..((((((....))))).)..))).)))))))........... ( -37.10) >DroEre_CAF1 6369 108 + 1 U--GAGCGUCUGGCAUCAGUGGCUAUUACCCAUCCGGCAUAAUUGAUUGCACGCAGUGUUGCAGUGGCACAUAGUUGGCUGUAUCAGCACUGCAUCUAGCUGCAACAAAU------- (--((((.....)).)))(..((((...........(((........)))..(((((((((..(..((.((....))))..)..)))))))))...))))..).......------- ( -34.10) >DroYak_CAF1 9043 115 + 1 U--GAGCGUCUGGCAUCAGUGGCUAUUACCCAUCCGGCAUAAUUGAUUGCAAACAGUGUUGCAGUUGCAGAUAGUCGGCUGCAUCAGCAGUGCAUCUAGCUGCAGCAAAUACAGUGC .--..(((.(((((((((((.(((...........)))...))))).)))......((((((((((..((((.((..(((((....)))))))))))))))))))))....)))))) ( -37.40) >DroPer_CAF1 26939 103 + 1 CUUCAGUCUCUGGUAUCAUUGCCA-GGG--C-AGCAGCAUAAUUGAUUAUACACAGUG-----GCUGCAGAUACG-----AGACCAACAGUGCAUCUAUCUGAAACAUAAACUCGAC .....(((((..(((((..(((..-..)--)-)(((((...((((........)))).-----))))).))))))-----))))...(((.........)))............... ( -27.10) >consensus C__GAGCGUCUGGCAUCAGUGGCUAUCACCCAUCCGGCAUAAUUGAUUGCAAACAGUGUUGCAGUUGCAGAUAGUCGGCUGCAUCAGCAGUGCAUCUAGCUGCAACAUAUACAAUAC .....(((.(((((((((((.(((...........)))...))))).)))...)))...))).(((((((.(((...(((((....)))))....))).)))))))........... (-19.78 = -21.70 + 1.92)
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