Locus 1459

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 3,867,626 – 3,867,778
Length 152
Max. P 0.996292
window2375 window2376 window2377

overview

Window 5

Location 3,867,626 – 3,867,741
Length 115
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 85.56
Mean single sequence MFE -30.14
Consensus MFE -23.24
Energy contribution -23.28
Covariance contribution 0.04
Combinations/Pair 1.04
Mean z-score -2.98
Structure conservation index 0.77
SVM decision value 2.39
SVM RNA-class probability 0.993267
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 3867626 115 + 22407834
AAGUCUAAGGAAGUGCAAUCGAUAACUAGCGGCGCAGUCUUGAGUUUUCAAGCUGCCGAUAACGACAUCACGCCUCCAAUUAUCGAUAGACGUAG---UAUAAUAACAAUAAACAA--AA
..(((((.(......)..(((((((...(.(((((((.((((......)))))))).(((......)))..))).)...))))))))))))....---..................--.. ( -26.60)
>DroSec_CAF1 4054 115 + 1
AAGCAUAACGAAGUGCAAUCGAUAAUUAGCGGCGCAGUCUUGAGUUUUCAAGCUGCCGAUAGCUGAAUCACGCCUCCAAUUAUCGAUAGACGUAG---UAUAAUAACAAUAAACAA--AA
..((((......)))).((((((((((.(.(((((((.((((......)))))))).(((......)))..))).).))))))))))........---..................--.. ( -31.70)
>DroSim_CAF1 4009 115 + 1
AAGCAUAACGAAGUGCAAUCGAUAAUUAGCGGCGCAGUCUUGAGUUUUUAAGCUGCCGAUAACGGCAUCACGCCUUCAAUUAUCGAUAGACGUAG---UAUAAUAACAAUAAACAA--AA
..((((......)))).((((((((((...((((.((.(((((....)))))))((((....))))....))))...))))))))))........---..................--.. ( -28.70)
>DroEre_CAF1 4035 118 + 1
AGACCCAGCGAAGUGCAAUCGAUAAAUGGUGGCGCAGUCUUGAGCGCUCAAGCUGCCGAUAACGGCAUCACGCCUACAAUUAUCGAUAGCUGUAGCUGUAUAAUAACAAUAAACAA--AA
.....((((.....((.((((((((.((..((((.((.(((((....)))))))((((....))))....))))..)).)))))))).))....))))..................--.. ( -38.20)
>DroYak_CAF1 4089 109 + 1
--------CACAGUGUAAUCGAUAAAUAUUGGCGCAGUCUUGAGUAUUCAAGCUGCCGAUAACGGCUUCACGCCUCCAAUUAUCGAUAAAUGUAG---UAUAAUAACAAUAAACAACAAA
--------.(((...(.((((((((.....((((.((.((((......))))))((((....))))....)))).....)))))))).).)))..---...................... ( -25.50)
>consensus
AAGCAUAACGAAGUGCAAUCGAUAAAUAGCGGCGCAGUCUUGAGUUUUCAAGCUGCCGAUAACGGCAUCACGCCUCCAAUUAUCGAUAGACGUAG___UAUAAUAACAAUAAACAA__AA
.................((((((((.....(((((((.(((((....))))))))).(((......)))..))).....))))))))................................. (-23.24 = -23.28 +   0.04)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 6

Location 3,867,626 – 3,867,741
Length 115
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 85.56
Mean single sequence MFE -34.32
Consensus MFE -26.94
Energy contribution -27.70
Covariance contribution 0.76
Combinations/Pair 1.07
Mean z-score -3.11
Structure conservation index 0.78
SVM decision value 2.68
SVM RNA-class probability 0.996292
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 3867626 115 - 22407834
UU--UUGUUUAUUGUUAUUAUA---CUACGUCUAUCGAUAAUUGGAGGCGUGAUGUCGUUAUCGGCAGCUUGAAAACUCAAGACUGCGCCGCUAGUUAUCGAUUGCACUUCCUUAGACUU
..--..(((((..((......)---)...((..((((((((((((.(((.(((((....)))))(((((((((....))))).))))))).)))))))))))).)).......))))).. ( -36.90)
>DroSec_CAF1 4054 115 - 1
UU--UUGUUUAUUGUUAUUAUA---CUACGUCUAUCGAUAAUUGGAGGCGUGAUUCAGCUAUCGGCAGCUUGAAAACUCAAGACUGCGCCGCUAAUUAUCGAUUGCACUUCGUUAUGCUU
..--..................---....((..((((((((((((.(((.((((......))))(((((((((....))))).))))))).)))))))))))).)).............. ( -34.70)
>DroSim_CAF1 4009 115 - 1
UU--UUGUUUAUUGUUAUUAUA---CUACGUCUAUCGAUAAUUGAAGGCGUGAUGCCGUUAUCGGCAGCUUAAAAACUCAAGACUGCGCCGCUAAUUAUCGAUUGCACUUCGUUAUGCUU
..--..................---....((..(((((((((((..(((((..(((((....))))).(((........)))...)))))..))))))))))).)).............. ( -29.50)
>DroEre_CAF1 4035 118 - 1
UU--UUGUUUAUUGUUAUUAUACAGCUACAGCUAUCGAUAAUUGUAGGCGUGAUGCCGUUAUCGGCAGCUUGAGCGCUCAAGACUGCGCCACCAUUUAUCGAUUGCACUUCGCUGGGUCU
..--..................((((....((.((((((((.((..(((((..(((((....))))).(((((....)))))...)))))..)).)))))))).)).....))))..... ( -40.10)
>DroYak_CAF1 4089 109 - 1
UUUGUUGUUUAUUGUUAUUAUA---CUACAUUUAUCGAUAAUUGGAGGCGUGAAGCCGUUAUCGGCAGCUUGAAUACUCAAGACUGCGCCAAUAUUUAUCGAUUACACUGUG--------
......................---.((((...((((((((.((..(((((...((((....))))(((((((....))))).)))))))..)).)))))))).....))))-------- ( -30.40)
>consensus
UU__UUGUUUAUUGUUAUUAUA___CUACGUCUAUCGAUAAUUGGAGGCGUGAUGCCGUUAUCGGCAGCUUGAAAACUCAAGACUGCGCCGCUAAUUAUCGAUUGCACUUCGUUAGGCUU
.................................(((((((((((..(((.(((((....)))))(((((((((....))))).)))))))..)))))))))))................. (-26.94 = -27.70 +   0.76)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 7

Location 3,867,666 – 3,867,778
Length 112
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 90.10
Mean single sequence MFE -29.88
Consensus MFE -24.14
Energy contribution -24.46
Covariance contribution 0.32
Combinations/Pair 1.19
Mean z-score -2.26
Structure conservation index 0.81
SVM decision value 1.81
SVM RNA-class probability 0.978452
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 3867666 112 - 22407834
---CUUAAUUUUUAUUUUAGCGCCGUGCAAUACAGUGAAUUU--UUGUUUAUUGUUAUUAUA---CUACGUCUAUCGAUAAUUGGAGGCGUGAUGUCGUUAUCGGCAGCUUGAAAACUCA
---...........(((.(((((((.((((((((((((((..--..)))))))).))))(((---.(((((((.((((...))))))))))).))).))...)))).))).)))...... ( -26.00)
>DroSec_CAF1 4094 112 - 1
---UUUAGUUUUUAUUUUAGCGCCGUGCAAUGCAGUGAAUUU--UUGUUUAUUGUUAUUAUA---CUACGUCUAUCGAUAAUUGGAGGCGUGAUUCAGCUAUCGGCAGCUUGAAAACUCA
---...((((((((....(((((((.((...(((((((((..--..))))))))).......---.(((((((.((((...))))))))))).....))...)))).))))))))))).. ( -30.90)
>DroSim_CAF1 4049 112 - 1
---UUUAGUUUUUAUUUUAGCGCCGAGCAAUGCAGUGAAUUU--UUGUUUAUUGUUAUUAUA---CUACGUCUAUCGAUAAUUGAAGGCGUGAUGCCGUUAUCGGCAGCUUAAAAACUCA
---...((((((((....(((((((((((..(((((((((..--..))))))))).......---.(((((((.((((...))))))))))).))).....))))).))))))))))).. ( -31.30)
>DroEre_CAF1 4075 118 - 1
UUGGUUAGUUUUUAUUUUAGCGCCGUGCAAUGCAGUGAAUUU--UUGUUUAUUGUUAUUAUACAGCUACAGCUAUCGAUAAUUGUAGGCGUGAUGCCGUUAUCGGCAGCUUGAGCGCUCA
...(((((........)))))((.(((.((((((((((((..--..)))))))).)))).))).(((..((((..(((((((....(((.....))))))))))..))))..)))))... ( -33.20)
>DroYak_CAF1 4121 114 - 1
---UUUAGUUUUUAUUUUAGCGCCGCGCAAUGCAGUGAAUUUUGUUGUUUAUUGUUAUUAUA---CUACAUUUAUCGAUAAUUGGAGGCGUGAAGCCGUUAUCGGCAGCUUGAAUACUCA
---.........(((((.(((..(((((...(((((((((......))))))))).......---((.((.(((....))).)).)))))))..((((....)))).))).))))).... ( -28.00)
>consensus
___UUUAGUUUUUAUUUUAGCGCCGUGCAAUGCAGUGAAUUU__UUGUUUAUUGUUAUUAUA___CUACGUCUAUCGAUAAUUGGAGGCGUGAUGCCGUUAUCGGCAGCUUGAAAACUCA
......((((((((....(((((((.((...(((((((((......)))))))))...........(((((((.((((...))))))))))).....))...)))).))))))))))).. (-24.14 = -24.46 +   0.32)

alignment

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