Locus 1426

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 3,807,571 – 3,807,691
Length 120
Max. P 0.824470
window2318

overview

Window 8

Location 3,807,571 – 3,807,691
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 100.00
Mean single sequence MFE -32.50
Consensus MFE -32.50
Energy contribution -32.50
Covariance contribution 0.00
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -1.46
Structure conservation index 1.00
SVM decision value 0.69
SVM RNA-class probability 0.824470
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 3807571 120 + 22407834
AUCGCCGCCAUUGGAGGCAUUCAAGCCAAAUCGUAGCCAUAUGAUGUUCCGCUCCACAACGCCACUGAUAUUAUCGGAGGCCCGAUGUGGCAUCGAAAAUAUUAAAUUAUGUGAUAAUAG
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>DroSec_CAF1 16879 120 + 1
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>DroSim_CAF1 16870 120 + 1
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>DroEre_CAF1 18338 120 + 1
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>DroYak_CAF1 18703 120 + 1
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>consensus
AUCGCCGCCAUUGGAGGCAUUCAAGCCAAAUCGUAGCCAUAUGAUGUUCCGCUCCACAACGCCACUGAUAUUAUCGGAGGCCCGAUGUGGCAUCGAAAAUAUUAAAUUAUGUGAUAAUAG
...(((((.(((((.(((......)))..((((((....))))))...............(((.(((((...))))).)))))))))))))((((...(((......))).))))..... (-32.50 = -32.50 +   0.00)

alignment

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secondary structure

Postscript

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