Locus 1425

Sequence ID	2L_DroMel_CAF1
Location	3,807,304 – 3,807,464
Length	160
Max. P	0.999615

overview

Window 6

Location	3,807,304 – 3,807,424
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	98.17
Mean single sequence MFE	-58.44
Consensus MFE	-58.94
Energy contribution	-58.66
Covariance contribution	-0.28
Combinations/Pair	1.05
Mean z-score	-2.29
Structure conservation index	1.01
SVM decision value	3.79
SVM RNA-class probability	0.999615
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 3807304 120 - 22407834
UUCUCCACCAUCAGCGUGGAGCUAGAACGCUUCGAGUUGGAGGUGGUGGCCCGCUCCUCGUAGGGCGCCUCCGUGUCCAGCGAGGAGGUGCAUCCGCGAUUCGAGAUCCGGGAGGCACAC
.((.(((((..((((.((((((......)))))).))))..))))).))....((((((((.((((((....)))))).))))))))((((.((((.((((...))))))))..)))).. ( -59.60)
>DroSec_CAF1 16612 120 - 1
UUCUCCACCAUCAACGUGGAGCUAGAACGCUUCGAGUUGGAGGUGGUGGCCCGCUCCUCGUAGGGCGCCUCCGUGUCCAGCGAGGAGGUGCAUCCGCGAUUCGAGAUCCGGGAGGCGCAC
.((.(((((..((((.((((((......)))))).))))..))))).))....((((((((.((((((....)))))).))))))))((((.((((.((((...))))))))..)))).. ( -59.20)
>DroSim_CAF1 16603 120 - 1
UUCUCCACCAUCAACGUGGAGCUAGAACGCUUCGAGUUGGAGGUGGUGGCCCGCUCCUCGUAGGGCGCCUCCGUGUCCAGCGAGGAGGUGCAUCCGCGAUUCGAGAUCCGGGAGGCGCAC
.((.(((((..((((.((((((......)))))).))))..))))).))....((((((((.((((((....)))))).))))))))((((.((((.((((...))))))))..)))).. ( -59.20)
>DroEre_CAF1 18064 120 - 1
UUCUCCACCAUCAGCGUGGAGCUGGAACGCUUCGAGUUGGAGGUGGUGGCCCGCUCCUCGUACGGCGCCUCCGUGUCCAGCGAGGAGGUGCAUCCGCGAUUCGAGAUCCGGGAGGCACAC
.((.(((((..((((.((((((......)))))).))))..))))).))....((((((((..(((((....)))))..))))))))((((.((((.((((...))))))))..)))).. ( -54.60)
>DroYak_CAF1 18423 120 - 1
UUCUCCACCAUCAGCGUGGAGCUGGAACGCUUCGAGUUGGAGGUGGUGGCCCGCUCCUCGUAGGGCGCCUCCGUGUCCAGCGAGGAGGUGCAUCCGCGAUUCGAGAUCCGGGAGGCACAC
.((.(((((..((((.((((((......)))))).))))..))))).))....((((((((.((((((....)))))).))))))))((((.((((.((((...))))))))..)))).. ( -59.60)
>consensus
UUCUCCACCAUCAGCGUGGAGCUAGAACGCUUCGAGUUGGAGGUGGUGGCCCGCUCCUCGUAGGGCGCCUCCGUGUCCAGCGAGGAGGUGCAUCCGCGAUUCGAGAUCCGGGAGGCACAC
.((.(((((..((((.((((((......)))))).))))..))))).))....((((((((.((((((....)))))).))))))))((((.((((.((((...))))))))..)))).. (-58.94 = -58.66 +  -0.28)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	3,807,344 – 3,807,464
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	98.17
Mean single sequence MFE	-54.52
Consensus MFE	-54.08
Energy contribution	-53.80
Covariance contribution	-0.28
Combinations/Pair	1.05
Mean z-score	-1.46
Structure conservation index	0.99
SVM decision value	1.32
SVM RNA-class probability	0.941563
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 3807344 120 - 22407834
CACCUCAUCGUCGGAGCUGUGGGCCAGCGAUCGCUUGCGGUUCUCCACCAUCAGCGUGGAGCUAGAACGCUUCGAGUUGGAGGUGGUGGCCCGCUCCUCGUAGGGCGCCUCCGUGUCCAG
.............(((..((((((((..(((((....)))))..(((((..((((.((((((......)))))).))))..)))))))))))))..)))...((((((....)))))).. ( -54.70)
>DroSec_CAF1 16652 120 - 1
CACCUCAUCGUCGGAGCUGUGGGCCAGCGAUCGCUUGCGGUUCUCCACCAUCAACGUGGAGCUAGAACGCUUCGAGUUGGAGGUGGUGGCCCGCUCCUCGUAGGGCGCCUCCGUGUCCAG
.............(((..((((((((..(((((....)))))..(((((..((((.((((((......)))))).))))..)))))))))))))..)))...((((((....)))))).. ( -54.70)
>DroSim_CAF1 16643 120 - 1
CACCUCAUCGUCGGAGCUGUGGGCCAGCGAUCGCUUGCGGUUCUCCACCAUCAACGUGGAGCUAGAACGCUUCGAGUUGGAGGUGGUGGCCCGCUCCUCGUAGGGCGCCUCCGUGUCCAG
.............(((..((((((((..(((((....)))))..(((((..((((.((((((......)))))).))))..)))))))))))))..)))...((((((....)))))).. ( -54.70)
>DroEre_CAF1 18104 120 - 1
CACCUCAUCGUCGGAGCUGUGGGCCAGCGAUCGCUUGCGAUUCUCCACCAUCAGCGUGGAGCUGGAACGCUUCGAGUUGGAGGUGGUGGCCCGCUCCUCGUACGGCGCCUCCGUGUCCAG
(((.....((((((((..((((((((..(((((....)))))..(((((..((((.((((((......)))))).))))..)))))))))))))..)))...))))).....)))..... ( -53.20)
>DroYak_CAF1 18463 120 - 1
CACCUCAUCGUCGGAGCUGUGGGCCAGCGAUCGCUUGCGAUUCUCCACCAUCAGCGUGGAGCUGGAACGCUUCGAGUUGGAGGUGGUGGCCCGCUCCUCGUAGGGCGCCUCCGUGUCCAG
.............(((..((((((((..(((((....)))))..(((((..((((.((((((......)))))).))))..)))))))))))))..)))...((((((....)))))).. ( -55.30)
>consensus
CACCUCAUCGUCGGAGCUGUGGGCCAGCGAUCGCUUGCGGUUCUCCACCAUCAGCGUGGAGCUAGAACGCUUCGAGUUGGAGGUGGUGGCCCGCUCCUCGUAGGGCGCCUCCGUGUCCAG
.............(((..((((((((..(((((....)))))..(((((..((((.((((((......)))))).))))..)))))))))))))..)))...((((((....)))))).. (-54.08 = -53.80 +  -0.28)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:02:15 2006