Locus 1331

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 3,522,339 – 3,522,449
Length 110
Max. P 0.935866
window2174

overview

Window 4

Location 3,522,339 – 3,522,449
Length 110
Sequences 6
Columns 114
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 75.79
Mean single sequence MFE -38.82
Consensus MFE -23.21
Energy contribution -23.80
Covariance contribution 0.59
Combinations/Pair 1.20
Mean z-score -1.94
Structure conservation index 0.60
SVM decision value 1.25
SVM RNA-class probability 0.935866
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 3522339 110 - 22407834
AG----UACCUUCAAGUUGCCUGGACAGCUGAUGAGCCCAAUCUAGUGCCUAGGUCUAGGCAGUCCAGUCCAGAUCCCCGUUUAGAUCGUCGCCUUCAGAGUUCGGGGGGCUGC
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>DroSec_CAF1 31353 105 - 1
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>DroSim_CAF1 30853 105 - 1
AG----UACCUUCAAGUUGCCUGGACAGCUGAUGAGCCUAAUCUAGUGCCUAGGUCUAGGCAGU-----CCAGAUCCCCGUUUAGAUCGUGGCCUUCAGCGUUCGGGGGGCUGC
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>DroEre_CAF1 29217 90 - 1
AG----UACCUUCAAGUUGCCUGGACAGCUGAUGAGCCCAAUCUA---------------CAGU-----CCCGAUCGCUACUUAGAUCGUGGCCUUCAGCGUUCGGGGAGCACC
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>DroYak_CAF1 30671 105 - 1
AG----UACCUUCAAGUUGCCUGGACAGCUGAUGAGCCCGAUCUAGUGCCGAGGGCUGUAAAGA-----CCAGAUCCCUGCUUAGAUCGUGGCCUUCAGCGUUCGGGAAGCACC
..----.........(((.(((((((.(((((.(.(((((((((((.((.(.((((((......-----.))).)))).)))))))))).)))).)))))))))))).)))... ( -44.80)
>DroAna_CAF1 27336 102 - 1
CGUGCAUAUCUUCAAGUUGCCUGGACCGCUGACGGGCUUGGCCUAAAAUCGGGAACAAU--ACC-----CGAGAUA-----CUAGAUCUUGCCCUUCAGCGUCCUGGGGUUACC
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>consensus
AG____UACCUUCAAGUUGCCUGGACAGCUGAUGAGCCCAAUCUAGUGCCUAGGUCUAGGCAGU_____CCAGAUCCCCGUUUAGAUCGUGGCCUUCAGCGUUCGGGGGGCACC
...............(((.(((((((.(((((.(.(((..((((((...................................))))))...)))).)))))))))))).)))... (-23.21 = -23.80 +   0.59)

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