Locus 1275

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 3,393,866 – 3,393,966
Length 100
Max. P 0.904098
window2083

overview

Window 3

Location 3,393,866 – 3,393,966
Length 100
Sequences 6
Columns 106
Reading direction forward
Mean pairwise identity 78.71
Mean single sequence MFE -35.92
Consensus MFE -17.68
Energy contribution -18.22
Covariance contribution 0.53
Combinations/Pair 1.30
Mean z-score -2.54
Structure conservation index 0.49
SVM decision value 1.03
SVM RNA-class probability 0.904098
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 3393866 100 + 22407834
AAUGGGCGCGGGCGGUGGGUGGUGGGUGGUGAACUUGCUACCCUGUGG---C-GUGCAUUGAGUUUCAUGACGUCAUUAGCGUUAAUGGCUG--UCCGUGUGCAUU
((((.(((((((((((((((((..(((.....)))..))))))..(((---(-((....((((((....))).)))...))))))...))))--))))))).)))) ( -48.40)
>DroGri_CAF1 20496 92 + 1
U-------------GUGUGUGGCUAGUGUUGCAGUCAGC-UCCAGUGGCGGUUGUGCAUUGAAUUUCAUGACGUCGUUAGUGUUAAUGACAUCAGCACUGUGCAUA
.-------------.......((((((((((..((((..-..((.(((((((..((.(......).))..))..))))).))....))))..)))))))).))... ( -26.50)
>DroSec_CAF1 16381 100 + 1
AGUCGGCGAGGGCGGUGGGUGGUGGGUGGUGAACUUGGUACCCUGUGG---C-GUGCAUUGAGUUUCAUGACGUCAUUAGCGUUAAUGGCUG--UCCGUGUGCAUU
.....(((.((((((((((((.(((((.....))))).)))))..(((---(-((....((((((....))).)))...))))))...))))--)))...)))... ( -34.90)
>DroSim_CAF1 16520 100 + 1
UGUGGGCGAGGGCGGUGGGUGGUGGGUGGUGAACUUGGUACCCUGUGG---C-GUGCAUUGAGUUUCAUGACGUCAUUAGCGUUAAUGGCUG--UCCGUGUGCAUU
.(((.(((.((((((((((((.(((((.....))))).)))))..(((---(-((....((((((....))).)))...))))))...))))--))).))).))). ( -36.70)
>DroEre_CAF1 16449 87 + 1
UG-------------UGGGCGGCGGGUGGUGAACUUGCUACCCUGUGG---C-GUGCAUUCAGUUUCAUGACGUCAUUAGCGUUAAUGGCUG--UCCAUGUGCAUU
.(-------------(((((((((((((((......))))))).((((---(-((.(((........))))))))))...........))))--)))))....... ( -34.60)
>DroYak_CAF1 17048 88 + 1
UG------------CUGGGCGGCGGGUGGUGAACUUGCUACCCUGUGG---C-GUGCAUUGAGUUUCAUGACGUCAUUAGCGUUAAUGGCUG--UCCGUGUGCAUU
((------------((((((((((((((((......)))))))..(((---(-((....((((((....))).)))...))))))...))))--))))...))).. ( -34.40)
>consensus
UG____________GUGGGUGGCGGGUGGUGAACUUGCUACCCUGUGG___C_GUGCAUUGAGUUUCAUGACGUCAUUAGCGUUAAUGGCUG__UCCGUGUGCAUU
.......................(((((((......)))))))..........(..(((.(((((....)))(((((((....)))))))....)).)))..)... (-17.68 = -18.22 +   0.53)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 09:58:21 2006