Locus 1266

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 3,365,593 – 3,365,701
Length 108
Max. P 0.960721
window2071 window2072

overview

Window 1

Location 3,365,593 – 3,365,701
Length 108
Sequences 6
Columns 108
Reading direction forward
Mean pairwise identity 95.06
Mean single sequence MFE -49.63
Consensus MFE -44.37
Energy contribution -44.48
Covariance contribution 0.11
Combinations/Pair 1.14
Mean z-score -1.56
Structure conservation index 0.89
SVM decision value 1.01
SVM RNA-class probability 0.899410
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 3365593 108 + 22407834
GUCACCUGUUGCUCCCGGUCGACGCGCAGCAGGCUCAGCUCGUGCUGGGUGAGAUCGCUCAGCCGAUGCUGCGAGAUGUCCUGCUGGGAGACAAGCGAAAGGGAGAGC
.......(((.(((((..(((.(...((((((((.(((((((.((((((((....))))))))))).))))......).)))))))(....)..))))..)))))))) ( -50.20)
>DroSec_CAF1 56302 108 + 1
GUCACCUGUUGCUCCCGGUCGACGCGCAGCAGGCUCAGCUCGUGUUGGGUGAGAUCGCUCAGCCGGUGCUGCGAGAUGUCCUGCUGGGAGACAAGCGAGAGGGUGAGC
.(((((((((.((((((((.(((.((((((((((...)))((.((((((((....)))))))))).)))))))....)))..))))))))...)))....)))))).. ( -50.50)
>DroSim_CAF1 52387 108 + 1
GUCACCUGUUGCUCCCGGUCGACGCGCAGCAGGCUUAGCUCGUGUUGGGUGAGAUCGCUUAGCCGGUGCUGCGAGAUGUCCUGCUGGGAGACAAGCGAGAGGGAGAGC
.((.(((.(((((((((((.(((.((((((((((...)))((.((((((((....)))))))))).)))))))....)))..))))))).....)))).))))).... ( -45.70)
>DroEre_CAF1 50830 108 + 1
GUCACCUGUUGCUCCCGGUCGACGCGCAGCAGGCUCAGCUCGUGCUGGGUGAGAUCGCUCAGCCGGUGCUGUGAGAUGUCCUGCUGGGAGACAAGCGAGAAGGAGAGC
..........((((((..((..(((.((((((((.(((((((.((((((((....))))))))))).))))......).)))))))(....)..))).)).)).)))) ( -49.10)
>DroYak_CAF1 52088 108 + 1
GUCACCUGUUGCUCCCGGUCGACGCGCAGCAGGCUCAGCUCGUGCUGGGUGAGAUCGCUCAGCCGGUGCUGCGAGAUGUCCUGCUGGGAGACAAGCGAGAGGGAGAGC
.((.(((.(((((....(((....(.(((((((..((.((((((((((.((((....)))).)))))...))))).)).))))))).).))).))))).))))).... ( -51.30)
>DroAna_CAF1 60481 108 + 1
GUCACCUGCUGCUCCCUGUCGACGCGCAGGAGGCUCAGCUCGUGGGGAGUGAGGUCGCUCAGCCGGUGCUGGGAGAUGUCCUGCUGGGAGACAAGCGAGAGGGAGAGC
.......(((.((((((.(((.(..((((((.(((((((.(.(((.(((((....)))))..)))).))))))...).))))))..(....)..)))).))))))))) ( -51.00)
>consensus
GUCACCUGUUGCUCCCGGUCGACGCGCAGCAGGCUCAGCUCGUGCUGGGUGAGAUCGCUCAGCCGGUGCUGCGAGAUGUCCUGCUGGGAGACAAGCGAGAGGGAGAGC
....(((.(((((....(((....(.((((((((.(((((((.((((((((....))))))))))).))))......).))))))).).))).))))).)))...... (-44.37 = -44.48 +   0.11)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 2

Location 3,365,593 – 3,365,701
Length 108
Sequences 6
Columns 108
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 95.06
Mean single sequence MFE -40.98
Consensus MFE -38.22
Energy contribution -38.58
Covariance contribution 0.36
Combinations/Pair 1.03
Mean z-score -1.44
Structure conservation index 0.93
SVM decision value 1.52
SVM RNA-class probability 0.960721
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 3365593 108 - 22407834
GCUCUCCCUUUCGCUUGUCUCCCAGCAGGACAUCUCGCAGCAUCGGCUGAGCGAUCUCACCCAGCACGAGCUGAGCCUGCUGCGCGUCGACCGGGAGCAACAGGUGAC
..........(((((((((((((....((.(..(.(((((((..(((((((....)))...((((....))))))))))))))).)..).)))))))..)))))))). ( -43.20)
>DroSec_CAF1 56302 108 - 1
GCUCACCCUCUCGCUUGUCUCCCAGCAGGACAUCUCGCAGCACCGGCUGAGCGAUCUCACCCAACACGAGCUGAGCCUGCUGCGCGUCGACCGGGAGCAACAGGUGAC
..........(((((((((((((....((.(..(.(((((((..((((.(((.................))).))))))))))).)..).)))))))..)))))))). ( -42.13)
>DroSim_CAF1 52387 108 - 1
GCUCUCCCUCUCGCUUGUCUCCCAGCAGGACAUCUCGCAGCACCGGCUAAGCGAUCUCACCCAACACGAGCUAAGCCUGCUGCGCGUCGACCGGGAGCAACAGGUGAC
..........(((((((((((((....((.(..(.(((((((..((((.(((.................))).))))))))))).)..).)))))))..)))))))). ( -40.03)
>DroEre_CAF1 50830 108 - 1
GCUCUCCUUCUCGCUUGUCUCCCAGCAGGACAUCUCACAGCACCGGCUGAGCGAUCUCACCCAGCACGAGCUGAGCCUGCUGCGCGUCGACCGGGAGCAACAGGUGAC
..........(((((((((((((((((((.((((.(.((((....)))).).)))......((((....)))).))))))).((...))...)))))..)))))))). ( -38.30)
>DroYak_CAF1 52088 108 - 1
GCUCUCCCUCUCGCUUGUCUCCCAGCAGGACAUCUCGCAGCACCGGCUGAGCGAUCUCACCCAGCACGAGCUGAGCCUGCUGCGCGUCGACCGGGAGCAACAGGUGAC
..........(((((((((((((....((.(..(.(((((((..(((((((....)))...((((....))))))))))))))).)..).)))))))..)))))))). ( -43.10)
>DroAna_CAF1 60481 108 - 1
GCUCUCCCUCUCGCUUGUCUCCCAGCAGGACAUCUCCCAGCACCGGCUGAGCGACCUCACUCCCCACGAGCUGAGCCUCCUGCGCGUCGACAGGGAGCAGCAGGUGAC
(((((((((.(((..(((......((((((..((.(.((((....)))).).)).(((((((.....))).))))..))))))))).))).)))))).)))....... ( -39.10)
>consensus
GCUCUCCCUCUCGCUUGUCUCCCAGCAGGACAUCUCGCAGCACCGGCUGAGCGAUCUCACCCAGCACGAGCUGAGCCUGCUGCGCGUCGACCGGGAGCAACAGGUGAC
..........(((((((((((((.(...(((....(((((((..((((.(((.................))).))))))))))).)))..).)))))..)))))))). (-38.22 = -38.58 +   0.36)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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