Locus 1260

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 3,325,985 – 3,326,105
Length 120
Max. P 0.950464
window2060

overview

Window 0

Location 3,325,985 – 3,326,105
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 78.00
Mean single sequence MFE -54.98
Consensus MFE -29.71
Energy contribution -28.88
Covariance contribution -0.83
Combinations/Pair 1.38
Mean z-score -2.48
Structure conservation index 0.54
SVM decision value 1.40
SVM RNA-class probability 0.950464
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 3325985 120 + 22407834
GAGCAAGCUGGCUCCAGCCUUCCGCCCACAGUGGCCGCCAUCAUAGUGGGUGUCAUCCAACUAAUGGGCACCUAUGCAUCCACCGUUUUGGUGGAGCGACUGGGCCGUAAGAUCCUGCUC
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>DroVir_CAF1 37442 120 + 1
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>DroPse_CAF1 36375 120 + 1
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>DroYak_CAF1 12156 120 + 1
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>DroMoj_CAF1 13753 120 + 1
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>DroPer_CAF1 38487 120 + 1
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>consensus
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alignment

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