Locus 1127

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 3,062,606 – 3,062,726
Length 120
Max. P 0.607284
window1836

overview

Window 6

Location 3,062,606 – 3,062,726
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 82.61
Mean single sequence MFE -47.23
Consensus MFE -28.73
Energy contribution -28.40
Covariance contribution -0.33
Combinations/Pair 1.46
Mean z-score -2.23
Structure conservation index 0.61
SVM decision value 0.15
SVM RNA-class probability 0.607284
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 3062606 120 + 22407834
GGUCGGAUGGGACCACACCCAGAAGUGGCUGGUGGCCAAGUUCGGCAAGGAAACUUCUUCUGGUGAGACCAUCGUGGAAGUCGAUCUCUCCAAGGAGGAUGAUGCUUUCCUGGCUGGACA
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>DroVir_CAF1 23395 120 + 1
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((((((((((((...(((......)))....(((((((....)))).......(((((((.(((((.....)))))((((....))))......))))))).)))..)))))))))))). ( -51.90)
>DroGri_CAF1 22373 120 + 1
GAUCGGCUGGGAUCACACACAGAAAUGGCUGGUUUGCAAGUUUGGCAAGGAGACCACUUCGGGUGAGACCAUCAUUGAGAUUGAUCUGUCCAAGGAGGAGGAUGCAUUCUUCGUCGGACA
((((((.(((..((((.(...(((.(((((..(((((.......))))).)).))).))).)))))..)))((.....)))))))).((((.(.((((((......)))))).).)))). ( -36.40)
>DroWil_CAF1 16634 120 + 1
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(((((((..(((((((((((.(((((((((..(((((......)))))...)))))))))....)))..)))))))((((((.((((((.....))))))..)))))).)..))))))). ( -52.20)
>DroMoj_CAF1 18657 120 + 1
GAUCGGCUGGGAUCAUACACAGAAGUGGUUGGUGGCCAAGUUUGGCAAGGAGACGUCAUCGGGCGAAACCAUUGUCGAGGUCGAUCUGUCCAAGGAGGAGGAUGCUUUCCUGGCGGGUCA
((((((((...((((..(((....)))..))))))))....(((((((((...((((....))))...)).)))))))))))((((((.(((.(((((......))))).))))))))). ( -43.40)
>DroAna_CAF1 15407 120 + 1
GGUCGGCUGGGACCACACCCAGAAGUGGCUGGUGGCCAAGUUCGGCAAGGAGACCUCGUCGGGUGAAACCAUUGUCGAGGUGGAUCUGUCCAAGGAGGACGACGCCUUCCUGGCUGGCCA
(((((((..(((...(((((.(((.((((.....))))..)))(((.(((...))).))))))))............(((((....(((((.....))))).))))))))..))))))). ( -55.40)
>consensus
GAUCGGCUGGGAUCACACACAGAAGUGGCUGGUGGCCAAGUUCGGCAAGGAGACCUCUUCGGGUGAAACCAUCAUCGAGGUCGAUCUGUCCAAGGAGGAGGAUGCAUUCCUGGCUGGACA
((((((((((((.........(((.((((.....))))..)))(((..(((.....(((((((((....))))..)))))....))).(((.....)))....))).)))))))))))). (-28.73 = -28.40 +  -0.33)

alignment

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secondary structure

Postscript

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