Projekt: protheinortho Output der orthologen miRNA Sequencen

Vortrag G05/08

1. .fa und .gff Dateien zur Spezies runtergeladen
2. miRNAs aus der mirbase fuer vorhandene Spezies in einer .fa Datei zusammengefasst.
3. Blasten der miRNAs gegen einzelne Genome
4. Erstellen einer gefilterten .bed Datei fuer jede Spezies
5. Mithilfe der .bed Datei und bedtools eine .fa Datei mit relativ aehnlichen Sequenzen jeder Spezies erstellt und alle gesammelt.
   • Kriterien:
   • 70% der Hits
   • Score >6000
6. proteinortho mit den .fa Dateien laufen lassen

Faelle:

• Match Fall
• Multiple Fall

Test