Arrestin

Arrestin ist ein Protein, welches die Aktivitaet von G-Protein-gekoppelten Rezeptoren reguliert. Es gibt vier verschiedene Arrestine in Vertebraten: Arrestin 1, 2, 3 und 4 . Arrestin 1 und 4 spielen eine entscheidende Rolle bei der Verarbeitung von Lichtreizen im Auge durch die Verbindung mit aktivem Rhodopsin. Dadurch wird verhindert, dass weitere Molekuele der Signalkaskade von Rhodopsin aktiviert werden. Arrestin 2 und 3 sind nicht-visuelle Proteine und in anderen Zellen lokalisiert. In Invertebraten ist die Anzahl an Arrestinen unterschiedlich. In Lepidoptera zum Beispiel existieren Arr1, Arr2, krz und CG32683.

Methoden

- blast
- prosplign
- fastarevcomp
- fastacmd
- RNAcode

Ergebnisse und Auswertung

Abbildung 1: Arrestin 1. Unterschiede zwischen den Genomversionen dpl1 und 3 (ENSEMBLE, MonarchBase) im Alignment sichtbar.

In allen Spezies, in welchen homologe Bereiche annotiert waren, zeigt das Alignment grosse Uebereinstimmungen. Die Struktur von Arrestin 1 ist somit gut konserviert. Die Annotation des Genomes von Danaus plexippus aus der MonarchBase ist jedoch lueckenhaft im Vergleich zur Annotation aus ENSEMBLE.

ARR1.aln

Abbildung 2: Arrestin 2. In allen Spezies gut konservierte Struktur.

Auch Arrestin 2 zeigt im Alignment ueber alle betrachteten Spezies grosse Uebereinstimmungen.

ARR2.aln

Abbildung 3: krz. Teilweise gut aligniert, aber Bereiche mit Introns nicht gut konserviert.

Im Alignment zeigen sich gut alignierte Bereiche der Exons. Bei den weniger gut alignierten Bereichen zwischen den bereits annotierten Exons kann davon ausgegangen werden, dass es sich dabei um Introns handelt. Im ersten dargestellten Intronfenster der Abbildung 3 gibt es alignierte Bereiche in Danaus plexippus, Heliconus melpomene und Melitea cinxia. Dies koennte auch ein konservierter Bereich eines Exons der Papilionoidea sein. Dies konnte aber noch nicht bewiesen werden. Der annotierte Bereich in Danaus plexippus und weiteren Spezies im zweiten dargestellten Intronfenster ist kein codierender Bereich von krz.

krz.aln

Abbildung 4: CG32683. Exon 1 wurde nicht gefunden. Dargestellt ist das RNAcode-Alignment des Exons 2.

CG32683 ist in Danaus plexippus in ENSEMBLEMetazoa noch nicht annotiert. Zur Lokalisation des Bereiches im Genom wurden Daten von CG32683 aus Bombyx mori verwendet. Dies enthielt jedoch kein Exon 1, sowie die Annotationen in verwandten Spezies auch nicht. CG32683 konnte in Danaus plexippus bis auf Exon 1 gefunden werden.

Zusammenfassend laesst sich sagen, dass Danaus plexippus vier Arrestine besitz: Arr1, Arr2, krz und CG32683.