Phylogenetische Untersuchung von vier RNA-bindenden Proteindomänen

Axel Wintsche

Abstract:

RNA ist neben der Proteinsynthese an vielen regulatorischen Prozessen in der Zelle beteiligt. Dabei ist die RNA meist mit Proteinen gebunden. Dies verhindert ihre Degradation und kann dem RNA-Proteinkomplex neue Funktionalität geben. Die Bindung zwischen RNA-Molekül und Protein kann durch spezielle Proteindomänen etabliert werden. Auf RNA-Seite kann zudem eine Spezifische Sequenz oder Struktur notwendig sein. In diesem Praktikum wurde die evolutionäre Konservierung von vier RNA-bindenen Proteindomänen untersucht (RRM, SAM, PUF und KH). Von Interesse war dabei die Verteilung im phylogenetischen Baum. Für die Proteindomänen wurden phylogenetische Bäume und statistische Auswertungen erstellt. Domänenkombinationen in Proteinen wurden auch auf Homologie untersucht.