Next: Vergleich der Hox-Gene in Up: Ergebnisse Previous: Ergebnisse
Nach Hillier LW et al., ``Sequence and comparative analysis of the chicken genome...'' wurde die Vollständigkeit des verwendeten Huhn-Genoms mit mehreren Methoden abgeschätzt und liegt zwischen 98 % bei Aligments mit vollständigen BACs (bacterial artificial chromosome) und 82 % beim Vergleich mit mRNA und ESTs (estimated sequence tag) in GC-reichen Regionen.
Von den bekannten Sequenzen sind etwa 88 % den verschiedenen Genomen zugeordnet. Nicht zugeordnete Sequenzen sind im virtuellen Chromosom ``chrUn'' enthalten, getrennt durch Gaps von jeweils 10000 bp.
Durch den Vergleich mit den Hox-Proteinen anderer Spezies konnten wir die folgende Hox-Gene finden (als pdf):
| LATIMERIA_Ccl_Lm/C8 | chr1 | 92.41 |
| LATIMERIA_Acl_LmA2/A2 | chr2 | 77.95 |
| LATIMERIA_Acl_LmA3/A3 | chr2 | 63.64 |
| HOMO_Acl_gi|13489077|ref|NP_076919.1|/A6 | chr2 | 84.46 |
| LATIMERIA_Acl_LmA7/A7 | chr2 | 75.78 |
| GALLUS_Acl_gi|49169787|ref|NP_989926.1|/A7 | chr2 | 93.65 |
| LATIMERIA_Acl_LmA9/A9 | chr2 | 59.24 |
| HOMO_Acl_gi|1778588|gb|AAB40867.1|/A9 | chr2 | 64.25 |
| HOMO_Acl_gi|2789672|gb|AAB96917.1|/A10 | chr2 | 55.29 |
| DANIO_Acl_AL645795,/A10 | chr2 | 46.06 |
| HOMO_Acl_gi|3930577|gb|AAC80455.1|/A11 | chr2 | 82.63 |
| DANIO_Acl_NM_131147,/A11b | chr2 | 58.85 |
| GALLUS_Acl_gi|15418784|gb|AAK38163.1|/A13 | chr2 | 100.00 |
| LATIMERIA_Acl_LmA13/A13 | chr2 | 79.91 |
| HOMO_Bcl_gi|11993915|gb|AAG42144.1|/B9 | chr27 | 73.99 |
| LATIMERIA_Bcl_Lm/B8 | chr27 | 86.84 |
| LATIMERIA_Dcl_Lm/D4 | chr7 | 65.67 |
| DANIO_Dcl_gi|27362953|gb|AAN86981.1|/D4a | chr7 | 66.18 |
| RATTUS_Dcl_gi|27668436|ref|XP_221510.1|/D10 | chr7 | 77.69 |
| HOMO_Dcl_gi|23510366|ref|NP_002139.2|/D10 | chr7 | 87.55 |
| LATIMERIA_Dcl_Lm/D12 | chr7 | 55.44 |
| RATTUS_Dcl_gi|27668396|ref|XP_221512.1|/EVX2 | chr7 | 73.43 |
| MUS_Ccl_gi|6680255|ref|NP_032298.1|/C9 | chrUn | 77.47 |
| LATIMERIA_Bcl_gi|28629647|gb|AAO43029.1|/B4 | chrUn | 70.00 |
| GALLUS_Bcl_gi|45384234|ref|NP_990624.1|/B4 | chrUn | 100.00 |
| RATTUS_Ccl_gi|27665512|ref|XP_235698.1|/C10 | chrUn | 59.74 |
| LATIMERIA_Ccl_Lm/C10 | chrUn | 60.31 |
| LATIMERIA_Bcl_Lm/B3 | chrUn | 77.93 |
| GALLUS_Bcl_gi|46048894|ref|NP_990074.1|/B3 | chrUn | 79.59 |
| LATIMERIA_Ccl_Lm/C11 | chrUn | 79.26 |
| HOMO_Ccl_gi|7657166|ref|NP_055027.1|/C11 | chrUn | 67.09 |
| LATIMERIA_Ccl_Lm/C12 | chrUn | 72.49 |
| LATIMERIA_Dcl_Lm/D9 | chrUn | 45.62 |
Durch die nicht vollständige Sequenzierung haben nur relativ wenige Hox-Gene gefunden, die Ergebnisse bestätigen die Positionen des vorhandenen HoxA-Clusters.
heinzes1 2010-08-12