Motivsuche

Bei der Motivsuche verwendeten wir anstelle der Voreinstellung eine Anzahl von zehn Motiven, die gefunden werden sollten. MEME, AlignAce und Bioprospector nutzen wir mit den in BEST integrierten Versionen.

• MEME, Weiterverarbeitung mit meme2data.pl

• Bioprospector, Weiterverarbeitung mit biop2data.pl geht nicht

• AlignAce, Weiterverarbeitung mit ace2data.pl

• Mit ymf2specialOut.pl und ymf_all.sh wurde folgender Output erzeugt.

• tfsearch

  tfsearch2data.pl all-masked.fa
  

• pwmatch

  transfacpwmatch_data_ohne_max.pl all-masked.fa >pwmatch.data