Programme

cut_coding.pl

Schneiden der beim NCBI geladenen Genome, um schoin bekannte codierende Regionen zu entfernen.

all_bz

Erzeugt paarweise Alignments aus mehreren Sequenzen

TBA

Erstellt die multiplen Alignments mit Hilfe des Threaded Block Alignment Algorithmus

mafedit.pl

Filtert die Alignments aus, welche weniger als 3 Sequenzen, weniger als 20 Basen oder einen nicht positiven Score habn.

TrimRealignments.pl (Von Dominic)

Entfernt 'überstehende' Basen in Alignments

RNAz Package

Berechnet ob bestimmte Sequenzen Sekundärstrukturen aufweisen, und baut die HTML Ausgabe

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