Locus 89

Sequence ID Bcere.0
Location 98,834 – 98,948
Length 114
Max. P 0.994969
window588 window589

overview

Window 8

Location 98,834 – 98,948
Length 114
Sequences 4
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 64.86
Mean single sequence MFE -52.10
Consensus MFE -27.52
Energy contribution -28.53
Covariance contribution 1.00
Combinations/Pair 1.39
Mean z-score -5.91
Structure conservation index 0.53
SVM decision value 1.93
SVM RNA-class probability 0.982968
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>Bcere.0 98834 114 + 5224283/152-272
-GUAAGCAGAAGCGGUGUACACCGUUAUCAGAGAUGAGUUUGAGGCUUUUUUAGCCUAAACAGAGUGGAACCGCGCUUAUAAG-GCGUCUCUGUCAAUAU----GACAGAGGCGUCUUUU
-((((((....(((((...((((....(((....)))((((.(((((.....))))))))).).)))..)))))))))))(((-(((((((((((.....----)))))))))))))).. ( -50.10)
>Banth.0 98832 115 + 5227293/152-272
AGUAAGCAGAAGCGGUGUACACCGUUAUCAGAGAUGAGUUUGAGGCUUUUUUAGCCUAAACAGAGUGGAACCGCGCUUAUAAG-GCGUCUCUGUCAAUAU----GACAGAGGCGUCUUUU
.((((((....(((((...((((....(((....)))((((.(((((.....))))))))).).)))..)))))))))))(((-(((((((((((.....----)))))))))))))).. ( -50.40)
>Blich.0 111454 111 + 4222334/152-272
----GGCGGUAUCCGCCGUUAUGGAUGAGAGUUGAGAAAACAGCUGUGCUGUUUUCUAAACAGAGUGGAACCGCGCGUCAAAAAGCGUCUCUGUCAU-----CAGACAGAGGCGUUUUUU
----.(((((.(((((((((...))))...(((.((((((((((...)))))))))).)))...)))))))))).....((((((((((((((((..-----..)))))))))))))))) ( -52.10)
>Bsubt.0 112502 114 + 4214630/152-272
----GGCGGCCGCCGCCGUUACAGGCUGAAGUUGGGAGAGCAGAAGU-CUGCUUUUCAAACAGAGUGGAACCGCGCGGUUAAA-GCGUCUCUGUCAUGUUUACAUGCAGAGACGCUUUUU
----.((((((((((((......)))....(((.(((((((((....-))))))))).))).).))))..))))......(((-(((((((((.((((....)))))))))))))))).. ( -55.80)
>consensus
____AGCAGAAGCCGCCGACACCGUUAUCAGAGAUGAGAUCAAGGCUUCUGUAGCCUAAACAGAGUGGAACCGCGCGUAUAAA_GCGUCUCUGUCAAUAU____GACAGAGGCGUCUUUU
.....((...(((((......)))))....(((.(((((((((.....))))))))).)))...(((....)))))....(((.(((((((((((.........)))))))))))))).. (-27.52 = -28.53 +   1.00)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 9

Location 98,834 – 98,948
Length 114
Sequences 4
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 64.86
Mean single sequence MFE -40.58
Consensus MFE -17.41
Energy contribution -18.10
Covariance contribution 0.69
Combinations/Pair 1.32
Mean z-score -4.66
Structure conservation index 0.43
SVM decision value 2.53
SVM RNA-class probability 0.994969
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>Bcere.0 98834 114 + 5224283/152-272
AAAAGACGCCUCUGUC----AUAUUGACAGAGACGC-CUUAUAAGCGCGGUUCCACUCUGUUUAGGCUAAAAAAGCCUCAAACUCAUCUCUGAUAACGGUGUACACCGCUUCUGCUUAC-
..(((.((.(((((((----.....))))))).)).-))).((((((((((..((((..(((((((((.....))))).))))(((....)))....))))...)))))....))))).- ( -36.90)
>Banth.0 98832 115 + 5227293/152-272
AAAAGACGCCUCUGUC----AUAUUGACAGAGACGC-CUUAUAAGCGCGGUUCCACUCUGUUUAGGCUAAAAAAGCCUCAAACUCAUCUCUGAUAACGGUGUACACCGCUUCUGCUUACU
..(((.((.(((((((----.....))))))).)).-))).((((((((((..((((..(((((((((.....))))).))))(((....)))....))))...)))))....))))).. ( -36.90)
>Blich.0 111454 111 + 4222334/152-272
AAAAAACGCCUCUGUCUG-----AUGACAGAGACGCUUUUUGACGCGCGGUUCCACUCUGUUUAGAAAACAGCACAGCUGUUUUCUCAACUCUCAUCCAUAACGGCGGAUACCGCC----
(((((.((.(((((((..-----..))))))).)).))))).....((((((((.....(((.((((((((((...)))))))))).)))......((.....)).))).))))).---- ( -40.60)
>Bsubt.0 112502 114 + 4214630/152-272
AAAAAGCGUCUCUGCAUGUAAACAUGACAGAGACGC-UUUAACCGCGCGGUUCCACUCUGUUUGAAAAGCAG-ACUUCUGCUCUCCCAACUUCAGCCUGUAACGGCGGCGGCCGCC----
..((((((((((((((((....)))).)))))))))-)))..((((((.(((.((..(((.(((...(((((-....)))))....)))...)))..)).))).)).)))).....---- ( -47.90)
>consensus
AAAAAACGCCUCUGUC____AUAAUGACAGAGACGC_CUUAUAAGCGCGGUUCCACUCUGUUUAGAAAAAAAAACCCCCAAACUCACAACUGAUAACGGUAAACACCGCUUCCGCC____
......((.(((((((.........))))))).))...........((((.............(((((.....)))))..................((((....))))...))))..... (-17.41 = -18.10 +   0.69)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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