Locus 66

Sequence ID Bsubt.0
Location 1,179,939 – 1,180,057
Length 118
Max. P 0.999467
window403 window404

overview

Window 3

Location 1,179,939 – 1,180,057
Length 118
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 71.72
Mean single sequence MFE -32.18
Consensus MFE -19.97
Energy contribution -18.85
Covariance contribution -1.12
Combinations/Pair 1.24
Mean z-score -2.15
Structure conservation index 0.62
SVM decision value 2.26
SVM RNA-class probability 0.991272
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>Bsubt.0 1179939 118 + 4214630/57-177
UCUUAUCUUCCAAGCUGUUCGAGCUUGCUGGAUUUAGCACCUU--GGUCAUGGCUGAUCGCCAUUACACCGGUUGCUGAAGCUUCGUCGGGCCAGUCCCUCUGCUUCUCUUGAUAAGAAC
(((((((...((((((.....))))))..(((...((((((..--.((.(((((.....))))).))...)).))))(((((...(..(((....)))..).)))))))).))))))).. ( -37.20)
>Blich.0 1206712 112 + 4222334/57-177
UCUUAUCUUCCAAGCAGGCU--GCUUGCUGGAUUUAGCACCUU--GGUCAUGAAUAUUCAUU----CACCGGUUGCUGAGGCUUCAUCGGGCCAGUCCCUCUGCCUCUCUUGAUAAGAAC
(((((((.((((.(((((..--.)))))))))...((((((..--(((.((((....)))).----.))))).))))(((((......(((.....)))...)))))....))))))).. ( -35.60)
>Bcere.0 3019782 102 + 5224283/57-177
UCUUAUCUUUCAAGUUAC-----CUUGCUGGAAUUGGCACAGU--AUUCAUAACGA-----------AUCCGCUGCCGAGGUAUCAUAGGGCCAGUCCCUCCACCUCUCGUGAUAAGAAU
(((((((.(((.(((...-----...))).)))..((((..(.--((((.....))-----------)).)..))))(((((.....((((.....))))..)))))....))))))).. ( -27.20)
>Banth.0 2953083 102 + 5227293/57-177
UCUUAUCUUUCAAGUUAC-----CUUGCUGGAAUUGGCACAGU--AUUCAUAACGA-----------AUCCGCUGCCGAGGUUUCAUAGGGCCAGUCCCUCCACCUCUCGUGAUAAGAAU
(((((((.(((.(((...-----...))).)))..((((..(.--((((.....))-----------)).)..))))(((((.....((((.....))))..)))))....))))))).. ( -27.20)
>Bclau.0 603913 104 + 4303871/57-177
UCUUAUCUCCCAGGACGUAG--UCCUGCUGGAAUUAGCACCUUCCGCUCAUGGCGG--------------GGUUGCUGAAGCAUCAUUGGGCCAGUCCCUCUGCUCCUCUUAAUAAGAAU
((((((.....((((.((((--....(((((..((((((((..((((.....))))--------------)).))))))..((....))..)))))....))))))))....)))))).. ( -33.70)
>consensus
UCUUAUCUUCCAAGCUGC_____CUUGCUGGAAUUAGCACCUU__GGUCAUGACGA___________ACCGGUUGCUGAGGCUUCAUAGGGCCAGUCCCUCUGCCUCUCUUGAUAAGAAU
(((((((((((((((.......)))))..)))...((((((.............................)).))))(((((......(((.....)))...)))))....))))))).. (-19.97 = -18.85 +  -1.12)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 4

Location 1,179,939 – 1,180,057
Length 118
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 71.72
Mean single sequence MFE -36.76
Consensus MFE -26.11
Energy contribution -23.55
Covariance contribution -2.56
Combinations/Pair 1.35
Mean z-score -2.82
Structure conservation index 0.71
SVM decision value 3.63
SVM RNA-class probability 0.999467
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>Bsubt.0 1179939 118 + 4214630/57-177
GUUCUUAUCAAGAGAAGCAGAGGGACUGGCCCGACGAAGCUUCAGCAACCGGUGUAAUGGCGAUCAGCCAUGACC--AAGGUGCUAAAUCCAGCAAGCUCGAACAGCUUGGAAGAUAAGA
..(((((((....(((((.(.(((.....)))..)...)))))((((.(((((...(((((.....))))).)))--..))))))........((((((.....))))))...))))))) ( -39.60)
>Blich.0 1206712 112 + 4222334/57-177
GUUCUUAUCAAGAGAGGCAGAGGGACUGGCCCGAUGAAGCCUCAGCAACCGGUG----AAUGAAUAUUCAUGACC--AAGGUGCUAAAUCCAGCAAGC--AGCCUGCUUGGAAGAUAAGA
..(((((((....(((((...(((.....)))......)))))((((.(((((.----.((((....)))).)))--..))))))...(((((((...--....))).)))).))))))) ( -36.70)
>Bcere.0 3019782 102 + 5224283/57-177
AUUCUUAUCACGAGAGGUGGAGGGACUGGCCCUAUGAUACCUCGGCAGCGGAU-----------UCGUUAUGAAU--ACUGUGCCAAUUCCAGCAAG-----GUAACUUGAAAGAUAAGA
..(((((((....((((((.((((.....))))....))))))((((.(((((-----------((.....))))--.)))))))........((((-----....))))...))))))) ( -36.00)
>Banth.0 2953083 102 + 5227293/57-177
AUUCUUAUCACGAGAGGUGGAGGGACUGGCCCUAUGAAACCUCGGCAGCGGAU-----------UCGUUAUGAAU--ACUGUGCCAAUUCCAGCAAG-----GUAACUUGAAAGAUAAGA
..(((((((....(((((..((((.....)))).....)))))((((.(((((-----------((.....))))--.)))))))........((((-----....))))...))))))) ( -34.60)
>Bclau.0 603913 104 + 4303871/57-177
AUUCUUAUUAAGAGGAGCAGAGGGACUGGCCCAAUGAUGCUUCAGCAACC--------------CCGCCAUGAGCGGAAGGUGCUAAUUCCAGCAGGA--CUACGUCCUGGGAGAUAAGA
..(((((((....((((((..(((.....))).....))))))((((.((--------------((((.....))))..))))))...(((..(((((--(...)))))))))))))))) ( -36.90)
>consensus
AUUCUUAUCAAGAGAGGCAGAGGGACUGGCCCGAUGAAGCCUCAGCAACCGAU___________UCGUCAUGAAC__AAGGUGCUAAUUCCAGCAAG_____ACAACUUGGAAGAUAAGA
..(((((((....(((((...(((.....)))......)))))(((.(((.............................))))))........(((((.......)))))...))))))) (-26.11 = -23.55 +  -2.56)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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