Locus 42

Sequence ID	Blich.0
Location	210,820 – 210,935
Length	115
Max. P	0.999059

overview

Window 5

Location	210,820 – 210,935
Length	115
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	69.75
Mean single sequence MFE	-42.76
Consensus MFE	-33.18
Energy contribution	-30.58
Covariance contribution	-2.60
Combinations/Pair	1.48
Mean z-score	-4.44
Structure conservation index	0.78
SVM decision value	3.03
SVM RNA-class probability	0.998198
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>Blich.0 210820 115 + 4222334/114-234
AUGCAACGUUACAGCAUCAGAGCCAUAAGUUGUCCAUUUAACUUAU-GGGAAAUUGGGUGGAACCACGGGUA----AUGCACUCGUCCCUAGCUUUGGGGAUUAGUGCAUUUUUUUAUUU
((((.........)))).....((((((((((......))))))))-))........(((....)))....(----(((((((.(((((((....))))))).))))))))......... ( -36.40)
>Bclau.0 160957 115 - 4303871/114-234
AUGCUACGUUACAGCACCAGAGCCGUAAGUUCUCU-UUUUACUUAU-GGGAAAUUGGGUGGAACCACGGGUAG--AACGCACUCGUCCCUU-CUUGGGGGAUGAGUGCGUUUUUGUGUUU
...((((((....)).((((..((((((((.....-....))))))-))....))))))))...((((...((--(((((((((((((((.-....)))))))))))))))))))))... ( -45.20)
>Bsubt.0 358670 119 - 4214630/114-234
AUGCUGCGUUACAGCAUCUUUAAGCCGAUCAUCAUGUGUAAUUGAUCGGGAAUUUGGGUGGAACCACGGAUGAUCAACACAUUCGUCCCUU-UUAGAGGGAUGGGUGUGUUUUUUUAUUU
((((((.....)))))).......(((((((...........)))))))........(((....)))((((((..((((((((((((((((-...))))))))))))))))...)))))) ( -42.80)
>Banth.0 2224770 113 + 5227293/114-234
AAGCGACGUUAUCGCA--AAAGAAGCCAUUAUGUUUUUUG--UGAU-GGGAAUCUGGGUGGAACCACGGAUAUA-AGCAUAUUCGUCCCUA-UUUUAGGGACGAAUAUGCUUUUUUGCAU
..((((..((((((((--(((((..........)))))))--))))-))..(((((((.....)).)))))..(-((((((((((((((((-...)))))))))))))))))..)))).. ( -45.60)
>Bcere.0 2308907 113 + 5224283/114-234
AAGCGACGUUAUCGCA--AAAGAAGCCAUUAUGUUUUUUG--UGAU-GGGAAUCUGGGUGGAACCACGGAUAUA-AGCAUAUUCGUCCCUA-UUUUAGGGAUGAAUAUGCUUUUUUGCAU
..((((..((((((((--(((((..........)))))))--))))-))..(((((((.....)).)))))..(-((((((((((((((((-...)))))))))))))))))..)))).. ( -43.80)
>consensus
AUGCGACGUUACAGCA_CAAAGAAGCAAUUAUGCUUUUUAA_UGAU_GGGAAUUUGGGUGGAACCACGGAUAU__AACACAUUCGUCCCUA_UUUUAGGGAUGAGUGUGUUUUUUUGUUU
..((((.....))))....................................(((((((.....)).)))))....((((((((((((((((....))))))))))))))))......... (-33.18 = -30.58 +  -2.60)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	210,820 – 210,935
Length	115
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	69.75
Mean single sequence MFE	-32.93
Consensus MFE	-25.30
Energy contribution	-23.50
Covariance contribution	-1.80
Combinations/Pair	1.40
Mean z-score	-4.01
Structure conservation index	0.77
SVM decision value	3.35
SVM RNA-class probability	0.999059
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>Blich.0 210820 115 + 4222334/114-234
AAAUAAAAAAAUGCACUAAUCCCCAAAGCUAGGGACGAGUGCAU----UACCCGUGGUUCCACCCAAUUUCCC-AUAAGUUAAAUGGACAACUUAUGGCUCUGAUGCUGUAACGUUGCAU
.........((((((((..((((........))))..)))))))----)....(((....)))........((-((.......)))).(((((((((((......))))))).))))... ( -32.30)
>Bclau.0 160957 115 - 4303871/114-234
AAACACAAAAACGCACUCAUCCCCCAAG-AAGGGACGAGUGCGUU--CUACCCGUGGUUCCACCCAAUUUCCC-AUAAGUAAAA-AGAGAACUUACGGCUCUGGUGCUGUAACGUAGCAU
.........(((((((((.((((.....-..)))).)))))))))--((((..(((....)))..........-..........-.......(((((((......))))))).))))... ( -33.90)
>Bsubt.0 358670 119 - 4214630/114-234
AAAUAAAAAAACACACCCAUCCCUCUAA-AAGGGACGAAUGUGUUGAUCAUCCGUGGUUCCACCCAAAUUCCCGAUCAAUUACACAUGAUGAUCGGCUUAAAGAUGCUGUAACGCAGCAU
.........((((((..(.(((((....-.))))).)..)))))).(((....(((....)))........(((((((.(((....))))))))))......)))((((.....)))).. ( -31.50)
>Banth.0 2224770 113 + 5227293/114-234
AUGCAAAAAAGCAUAUUCGUCCCUAAAA-UAGGGACGAAUAUGCU-UAUAUCCGUGGUUCCACCCAGAUUCCC-AUCA--CAAAAAACAUAAUGGCUUCUUU--UGCGAUAACGUCGCUU
.((((((((((((((((((((((((...-))))))))))))))))-)......(((....)))...((...((-((..--...........))))..)))))--))))............ ( -36.32)
>Bcere.0 2308907 113 + 5224283/114-234
AUGCAAAAAAGCAUAUUCAUCCCUAAAA-UAGGGACGAAUAUGCU-UAUAUCCGUGGUUCCACCCAGAUUCCC-AUCA--CAAAAAACAUAAUGGCUUCUUU--UGCGAUAACGUCGCUU
.(((((((((((((((((.((((((...-)))))).)))))))))-)......(((....)))...((...((-((..--...........))))..)))))--))))............ ( -30.62)
>consensus
AAACAAAAAAACACACUCAUCCCUAAAA_UAGGGACGAAUGUGUU__AUAUCCGUGGUUCCACCCAAAUUCCC_AUCA_UCAAAAAAAAUAAUGGCGUCUCUG_UGCUGUAACGUAGCAU
.........(((((((((.((((........)))).)))))))))........(((....)))..........................................((((.....)))).. (-25.30 = -23.50 +  -1.80)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz $RNAz::rnazVersion) on Thu Apr 6 17:19:18 2006