Locus 134

Sequence ID	Blich.0
Location	36,244 – 36,360
Length	116
Max. P	0.938544

overview

Window 1

Location	36,244 – 36,360
Length	116
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	85.76
Mean single sequence MFE	-42.57
Consensus MFE	-39.80
Energy contribution	-39.08
Covariance contribution	-0.72
Combinations/Pair	1.06
Mean z-score	-1.82
Structure conservation index	0.94
SVM decision value	1.29
SVM RNA-class probability	0.938544
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>Blich.0 36244 116 + 4222334/0-120
AAUCAAAAGAUGGGCCUGUAGCUCAGCUGGUUAGAGCGCACGCCUGAUAAGCGUGAGGUCGGUGGUUCGAGUCCACUCAGGCCCACCAUCUUUA----UACACGGGGCCUUAGCUCAGCU
.....(((((((((((((...(((((((.(((((.((....))))))).))).))))...(((((.......)))))))))))))...))))).----......((((....)))).... ( -42.90)
>Bclau.0 935484 120 + 4303871/0-120
UGUCAAAAGAGGGGCCUGUAGCUCAGCUGGUUAGAGCGCACGCCUGAUAAGCGUGAGGUCGGUGGUUCAAGUCCACUCAGGCCCACCAUAAACGGAACAAAAUGGGGCCUUAGCUCAGCU
........((((((((((...(((((((.(((((.((....))))))).))).))))...(((((.......)))))))))))).........((..(......)..))....))).... ( -41.80)
>Bsubt.0 31916 116 + 4214630/0-120
UAAGUUAAGAUGGGCCUGUAGCUCAGCUGGUUAGAGCGCACGCCUGAUAAGCGUGAGGUCGGUGGUUCGAGUCCACUCAGGCCCACCAUCUUAU----AUAACGGGGCCUUAGCUCAGCU
..((((.((..((.(((((......(((.(((((.((....))))))).)))(((((((.(((((..((((....))).)..))))))))))))----...))))).))....)).)))) ( -44.60)
>Banth.0 30764 112 + 5227293/0-120
AAAUUUGU-AUGGGCCUAUAGCUCAGCUGGUUAGAGCGCACGCCUGAUAAGCGUGAGGUCGAUGGUUCGAGUCCAUUUAGGCCCACCAUA-CAA----UUU--GGGGCCUUAGCUCAGCU
....((((-(((((((((...(((((((.(((((.((....))))))).))).))))...(((((.......)))))))))))))...))-)))----...--.((((....)))).... ( -39.80)
>Bcere.0 30743 112 + 5224283/0-120
CAAUUUGU-AUGGGCCUAUAGCUCAGCUGGUUAGAGCGCACGCCUGAUAAGCGUGAGGUCGAUGGUUCGAGUCCAUUUAGGCCCACCAUA-CAA----CUU--GGGGCCUUAGCUCAGCU
(((.((((-(((((((((...(((((((.(((((.((....))))))).))).))))...(((((.......)))))))))))))...))-)))----.))--)((((....)))).... ( -42.10)
>Bhalo.0 119355 116 + 4202352/0-120
CAAUUUGUUAUGGGCCUGUAGCUCAGCUGGUUAGAGCGCACGCCUGAUAAGCGUGAGGUCGGUGGUUCAAGUCCACUCAGGCCCACCAUAACAG----CUUUCGGGGCCUUAGCUCAGCU
.....(((((((((((((...(((((((.(((((.((....))))))).))).))))...(((((.......)))))))))))))...)))))(----((....((((....))))))). ( -44.20)
>consensus
AAAUUUAAGAUGGGCCUGUAGCUCAGCUGGUUAGAGCGCACGCCUGAUAAGCGUGAGGUCGGUGGUUCGAGUCCACUCAGGCCCACCAUA_CAA____AUUACGGGGCCUUAGCUCAGCU
..........((((((((...(((((((.(((((.((....))))))).))).))))...(((((.......)))))))))))))...................((((....)))).... (-39.80 = -39.08 +  -0.72)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	36,244 – 36,360
Length	116
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	85.76
Mean single sequence MFE	-37.60
Consensus MFE	-34.37
Energy contribution	-33.65
Covariance contribution	-0.72
Combinations/Pair	1.08
Mean z-score	-1.25
Structure conservation index	0.91
SVM decision value	-0.03
SVM RNA-class probability	0.516549
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>Blich.0 36244 116 + 4222334/0-120
AGCUGAGCUAAGGCCCCGUGUA----UAAAGAUGGUGGGCCUGAGUGGACUCGAACCACCGACCUCACGCUUAUCAGGCGUGCGCUCUAACCAGCUGAGCUACAGGCCCAUCUUUUGAUU
.((.(.((....)).).))...----..((((.((((((((((.((((.......))))......((((((.....)))))).((((.........))))..)))))))))))))).... ( -39.10)
>Bclau.0 935484 120 + 4303871/0-120
AGCUGAGCUAAGGCCCCAUUUUGUUCCGUUUAUGGUGGGCCUGAGUGGACUUGAACCACCGACCUCACGCUUAUCAGGCGUGCGCUCUAACCAGCUGAGCUACAGGCCCCUCUUUUGACA
....((((.(((......))).)))).(((...((.(((((((.((((.......))))......((((((.....)))))).((((.........))))..)))))))..))...))). ( -37.20)
>Bsubt.0 31916 116 + 4214630/0-120
AGCUGAGCUAAGGCCCCGUUAU----AUAAGAUGGUGGGCCUGAGUGGACUCGAACCACCGACCUCACGCUUAUCAGGCGUGCGCUCUAACCAGCUGAGCUACAGGCCCAUCUUAACUUA
...((((.(((((..(((((..----....)))))((((((((.((((.......))))......((((((.....)))))).((((.........))))..))))))))))))).)))) ( -40.80)
>Banth.0 30764 112 + 5227293/0-120
AGCUGAGCUAAGGCCCC--AAA----UUG-UAUGGUGGGCCUAAAUGGACUCGAACCAUCGACCUCACGCUUAUCAGGCGUGCGCUCUAACCAGCUGAGCUAUAGGCCCAU-ACAAAUUU
.(((.......)))...--...----(((-(...(((((((((...((..((((....)))))).((((((.....)))))).((((.........))))..)))))))))-)))).... ( -34.60)
>Bcere.0 30743 112 + 5224283/0-120
AGCUGAGCUAAGGCCCC--AAG----UUG-UAUGGUGGGCCUAAAUGGACUCGAACCAUCGACCUCACGCUUAUCAGGCGUGCGCUCUAACCAGCUGAGCUAUAGGCCCAU-ACAAAUUG
.(((.......)))..(--((.----(((-(...(((((((((...((..((((....)))))).((((((.....)))))).((((.........))))..)))))))))-)))).))) ( -35.60)
>Bhalo.0 119355 116 + 4202352/0-120
AGCUGAGCUAAGGCCCCGAAAG----CUGUUAUGGUGGGCCUGAGUGGACUUGAACCACCGACCUCACGCUUAUCAGGCGUGCGCUCUAACCAGCUGAGCUACAGGCCCAUAACAAAUUG
......((((..((..(....)----..))..))))(((((((.((((.......))))......((((((.....)))))).((((.........))))..)))))))........... ( -38.30)
>consensus
AGCUGAGCUAAGGCCCCGUAAA____UUG_UAUGGUGGGCCUGAGUGGACUCGAACCACCGACCUCACGCUUAUCAGGCGUGCGCUCUAACCAGCUGAGCUACAGGCCCAUCACAAAUUA
.(((.......)))....................(((((((((.((((.......))))......((((((.....)))))).((((.........))))..)))))))))......... (-34.37 = -33.65 +  -0.72)

alignment

secondary structure

dotplot

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