Locus 129

Sequence ID Banth.0
Location 538,553 – 538,639
Length 86
Max. P 0.962756
window883 window884 window885 window886

overview

Window 3

Location 538,553 – 538,639
Length 86
Sequences 6
Columns 90
Reading direction forward
Mean pairwise identity 80.66
Mean single sequence MFE -40.80
Consensus MFE -30.93
Energy contribution -30.55
Covariance contribution -0.38
Combinations/Pair 1.26
Mean z-score -3.34
Structure conservation index 0.76
SVM decision value 1.54
SVM RNA-class probability 0.962756
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>Banth.0 538553 86 + 5227293
UGCCGAUGUGGCGGAAUUGGCAGACGCGCACGACUCAAAAUCGUGU--UCCUUCG--GGAGUGUCGGUUCGACCCCGACCAUCGGUAUCA
((((((((.(.(((..(((((.(((((((((((.......))))))--(((....--)))))))).).))))..))).)))))))))... ( -37.50)
>Bcere.0 611055 86 + 5224283
UGCCGAUGUGGCGGAAUUGGCAGACGCGCACGACUCAAAAUCGUGU--UCCUUCG--GGAGUGUCGGUUCGACCCCGACCAUCGGUAUCA
((((((((.(.(((..(((((.(((((((((((.......))))))--(((....--)))))))).).))))..))).)))))))))... ( -37.50)
>Bclau.0 1450808 86 + 4303871
GGCCGGUGUGGCGGAAUUGGCAGACGCGCACGACUCAAAAUCGUGU--UCCUUCG--GGAGUGUCGGUUCGACCCCGACCACCGGUAUUA
.(((((((.(.(((..(((((.(((((((((((.......))))))--(((....--)))))))).).))))..))).)))))))).... ( -39.00)
>Bhalo.0 1039350 87 + 4202352
UGCCGGUGUGGCGGAAUUGGCAGACGCGCACGACUCAAAAUCGUGU--UCCCUCGU-GGAGUGUCGGUUCGACCCCGACCACCGGUACCA
((((((((.(.(((..(((((.(((((((((((.......))))))--(((.....-)))))))).).))))..))).)))))))))... ( -35.40)
>Bsubt.0 952191 90 + 4214630
UGCCGGGGUGGUGGAAUUGGCAGACACACAGGACUUAAAAUCCUGCGGUAGGUGACUACCGUGCCGGUUCAAGUCCGGCCCUCGGCACCA
(((((((((((..(((((((((......(((((.......)))))((((((....)))))))))))))))....)).)))).)))))... ( -47.70)
>Blich.0 926807 90 + 4222334
UGCCGGGGUGGUGGAAUUGGCAGACACACAGGACUUAAAAUCCUGCGGUAGGUGACUACCGUGCCGGUUCAAGUCCGGCCCUCGGCACCA
(((((((((((..(((((((((......(((((.......)))))((((((....)))))))))))))))....)).)))).)))))... ( -47.70)
>consensus
UGCCGGUGUGGCGGAAUUGGCAGACGCGCACGACUCAAAAUCGUGU__UCCUUCG__GGAGUGUCGGUUCGACCCCGACCAUCGGUACCA
((((((((.(.(((..(((((.(((((((((((.......))))))..(((......)))))))).).))))..))).)))))))))... (-30.93 = -30.55 +  -0.38)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 4

Location 538,553 – 538,639
Length 86
Sequences 6
Columns 90
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 80.66
Mean single sequence MFE -33.95
Consensus MFE -26.56
Energy contribution -24.90
Covariance contribution -1.66
Combinations/Pair 1.25
Mean z-score -1.88
Structure conservation index 0.78
SVM decision value 0.89
SVM RNA-class probability 0.875610
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>Banth.0 538553 86 + 5227293
UGAUACCGAUGGUCGGGGUCGAACCGACACUCC--CGAAGGA--ACACGAUUUUGAGUCGUGCGCGUCUGCCAAUUCCGCCACAUCGGCA
.....((((((.(((((((((...))))...))--))).(((--(((((((.....)))))).((....))...))))....)))))).. ( -30.00)
>Bcere.0 611055 86 + 5224283
UGAUACCGAUGGUCGGGGUCGAACCGACACUCC--CGAAGGA--ACACGAUUUUGAGUCGUGCGCGUCUGCCAAUUCCGCCACAUCGGCA
.....((((((.(((((((((...))))...))--))).(((--(((((((.....)))))).((....))...))))....)))))).. ( -30.00)
>Bclau.0 1450808 86 + 4303871
UAAUACCGGUGGUCGGGGUCGAACCGACACUCC--CGAAGGA--ACACGAUUUUGAGUCGUGCGCGUCUGCCAAUUCCGCCACACCGGCC
.....((((((.(((((((((...))))...))--))).(((--(((((((.....)))))).((....))...))))....)))))).. ( -32.00)
>Bhalo.0 1039350 87 + 4202352
UGGUACCGGUGGUCGGGGUCGAACCGACACUCC-ACGAGGGA--ACACGAUUUUGAGUCGUGCGCGUCUGCCAAUUCCGCCACACCGGCA
.....(((((((((((.......))))).(((.-..)))(((--(((((((.....)))))).((....))...))))....)))))).. ( -30.50)
>Bsubt.0 952191 90 + 4214630
UGGUGCCGAGGGCCGGACUUGAACCGGCACGGUAGUCACCUACCGCAGGAUUUUAAGUCCUGUGUGUCUGCCAAUUCCACCACCCCGGCA
...(((((.(((((((.......)))))..(((((.(((.....(((((((.....)))))))))).)))))..........)).))))) ( -40.60)
>Blich.0 926807 90 + 4222334
UGGUGCCGAGGGCCGGACUUGAACCGGCACGGUAGUCACCUACCGCAGGAUUUUAAGUCCUGUGUGUCUGCCAAUUCCACCACCCCGGCA
...(((((.(((((((.......)))))..(((((.(((.....(((((((.....)))))))))).)))))..........)).))))) ( -40.60)
>consensus
UGAUACCGAUGGUCGGGGUCGAACCGACACUCC__CGAAGGA__ACACGAUUUUGAGUCGUGCGCGUCUGCCAAUUCCGCCACACCGGCA
.....(((((((((((.......))))).................((((((.....)))))).(((...........)))..)))))).. (-26.56 = -24.90 +  -1.66)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 5

Location 538,553 – 538,639
Length 86
Sequences 6
Columns 90
Reading direction forward
Mean pairwise identity 80.66
Mean single sequence MFE -40.80
Consensus MFE -30.93
Energy contribution -30.55
Covariance contribution -0.38
Combinations/Pair 1.26
Mean z-score -3.34
Structure conservation index 0.76
SVM decision value 1.54
SVM RNA-class probability 0.962756
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>Banth.0 538553 86 + 5227293/0-90
UGCCGAUGUGGCGGAAUUGGCAGACGCGCACGACUCAAAAUCGUGU--UCCUUCG--GGAGUGUCGGUUCGACCCCGACCAUCGGUAUCA
((((((((.(.(((..(((((.(((((((((((.......))))))--(((....--)))))))).).))))..))).)))))))))... ( -37.50)
>Bcere.0 611055 86 + 5224283/0-90
UGCCGAUGUGGCGGAAUUGGCAGACGCGCACGACUCAAAAUCGUGU--UCCUUCG--GGAGUGUCGGUUCGACCCCGACCAUCGGUAUCA
((((((((.(.(((..(((((.(((((((((((.......))))))--(((....--)))))))).).))))..))).)))))))))... ( -37.50)
>Bclau.0 1450808 86 + 4303871/0-90
GGCCGGUGUGGCGGAAUUGGCAGACGCGCACGACUCAAAAUCGUGU--UCCUUCG--GGAGUGUCGGUUCGACCCCGACCACCGGUAUUA
.(((((((.(.(((..(((((.(((((((((((.......))))))--(((....--)))))))).).))))..))).)))))))).... ( -39.00)
>Bhalo.0 1039350 87 + 4202352/0-90
UGCCGGUGUGGCGGAAUUGGCAGACGCGCACGACUCAAAAUCGUGU--UCCCUCGU-GGAGUGUCGGUUCGACCCCGACCACCGGUACCA
((((((((.(.(((..(((((.(((((((((((.......))))))--(((.....-)))))))).).))))..))).)))))))))... ( -35.40)
>Bsubt.0 952191 90 + 4214630/0-90
UGCCGGGGUGGUGGAAUUGGCAGACACACAGGACUUAAAAUCCUGCGGUAGGUGACUACCGUGCCGGUUCAAGUCCGGCCCUCGGCACCA
(((((((((((..(((((((((......(((((.......)))))((((((....)))))))))))))))....)).)))).)))))... ( -47.70)
>Blich.0 926807 90 + 4222334/0-90
UGCCGGGGUGGUGGAAUUGGCAGACACACAGGACUUAAAAUCCUGCGGUAGGUGACUACCGUGCCGGUUCAAGUCCGGCCCUCGGCACCA
(((((((((((..(((((((((......(((((.......)))))((((((....)))))))))))))))....)).)))).)))))... ( -47.70)
>consensus
UGCCGGUGUGGCGGAAUUGGCAGACGCGCACGACUCAAAAUCGUGU__UCCUUCG__GGAGUGUCGGUUCGACCCCGACCAUCGGUACCA
((((((((.(.(((..(((((.(((((((((((.......))))))..(((......)))))))).).))))..))).)))))))))... (-30.93 = -30.55 +  -0.38)

alignment

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secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 6

Location 538,553 – 538,639
Length 86
Sequences 6
Columns 90
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 80.66
Mean single sequence MFE -33.95
Consensus MFE -26.56
Energy contribution -24.90
Covariance contribution -1.66
Combinations/Pair 1.25
Mean z-score -1.88
Structure conservation index 0.78
SVM decision value 0.89
SVM RNA-class probability 0.875610
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>Banth.0 538553 86 + 5227293/0-90
UGAUACCGAUGGUCGGGGUCGAACCGACACUCC--CGAAGGA--ACACGAUUUUGAGUCGUGCGCGUCUGCCAAUUCCGCCACAUCGGCA
.....((((((.(((((((((...))))...))--))).(((--(((((((.....)))))).((....))...))))....)))))).. ( -30.00)
>Bcere.0 611055 86 + 5224283/0-90
UGAUACCGAUGGUCGGGGUCGAACCGACACUCC--CGAAGGA--ACACGAUUUUGAGUCGUGCGCGUCUGCCAAUUCCGCCACAUCGGCA
.....((((((.(((((((((...))))...))--))).(((--(((((((.....)))))).((....))...))))....)))))).. ( -30.00)
>Bclau.0 1450808 86 + 4303871/0-90
UAAUACCGGUGGUCGGGGUCGAACCGACACUCC--CGAAGGA--ACACGAUUUUGAGUCGUGCGCGUCUGCCAAUUCCGCCACACCGGCC
.....((((((.(((((((((...))))...))--))).(((--(((((((.....)))))).((....))...))))....)))))).. ( -32.00)
>Bhalo.0 1039350 87 + 4202352/0-90
UGGUACCGGUGGUCGGGGUCGAACCGACACUCC-ACGAGGGA--ACACGAUUUUGAGUCGUGCGCGUCUGCCAAUUCCGCCACACCGGCA
.....(((((((((((.......))))).(((.-..)))(((--(((((((.....)))))).((....))...))))....)))))).. ( -30.50)
>Bsubt.0 952191 90 + 4214630/0-90
UGGUGCCGAGGGCCGGACUUGAACCGGCACGGUAGUCACCUACCGCAGGAUUUUAAGUCCUGUGUGUCUGCCAAUUCCACCACCCCGGCA
...(((((.(((((((.......)))))..(((((.(((.....(((((((.....)))))))))).)))))..........)).))))) ( -40.60)
>Blich.0 926807 90 + 4222334/0-90
UGGUGCCGAGGGCCGGACUUGAACCGGCACGGUAGUCACCUACCGCAGGAUUUUAAGUCCUGUGUGUCUGCCAAUUCCACCACCCCGGCA
...(((((.(((((((.......)))))..(((((.(((.....(((((((.....)))))))))).)))))..........)).))))) ( -40.60)
>consensus
UGAUACCGAUGGUCGGGGUCGAACCGACACUCC__CGAAGGA__ACACGAUUUUGAGUCGUGCGCGUCUGCCAAUUCCGCCACACCGGCA
.....(((((((((((.......))))).................((((((.....)))))).(((...........)))..)))))).. (-26.56 = -24.90 +  -1.66)

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