Locus 104

Sequence ID Blich.0
Location 1,488,845 – 1,488,954
Length 109
Max. P 0.999990
window725 window726 window727 window728

overview

Window 5

Location 1,488,845 – 1,488,954
Length 109
Sequences 4
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 67.94
Mean single sequence MFE -37.12
Consensus MFE -25.96
Energy contribution -25.71
Covariance contribution -0.25
Combinations/Pair 1.11
Mean z-score -3.68
Structure conservation index 0.70
SVM decision value 5.58
SVM RNA-class probability 0.999990
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>Blich.0 1488845 109 + 4222334/40-160
GGCAACCGACUUUUU-------AAGCACGGUGCUAAUUCUUGCAGCUGACG-CUGAGAGAUAAGGAUUCGAACCUGAAAAGCGAAACCUCUUUUAGCUAAA--GCAGCA-AAAGAGGUUU
(....)((.((((((-------(.(..(((..((...(((..((((....)-)))..)))...))..)))..).)))))))))(((((((((((.(((...--..))))-)))))))))) ( -33.30)
>Bsubt.0 1426183 110 + 4214630/40-160
GGCAACCGACUUAUA-------AAGCACGGUGCUAAUUCUUGCAGCUAGCGGCUGAGAGAUAAG-AUUCGGAC--GAGAAACGAAACCUCUUUAGACGCGAUUGCAGUUUGAAGAGGUUU
.....((((((((..-------.(((.....)))...(((..((((.....))))..)))))))-..))))..--........((((((((((((((((....)).)))))))))))))) ( -36.20)
>Bcere.0 3836046 102 + 5224283/40-160
GGCAACCGAUCUACA--AUUGUAGACACGGUGCUAAUUCUCGCAGCAUUACGCUGACAGAUAAGGAGCUGGUU----GUAAAAAAACCUCUCCU----------UAGCU--GAGAGGUUU
((((.(((.(((((.--...)))))..)))))))...((((.((((.....)))).(((.(((((((..((((----.......)))).)))))----------)).))--).))))... ( -38.80)
>Banth.0 3892930 104 + 5227293/40-160
GGCAACCGAUCUACAUAAUUGUAGACACGGUGCUAAUUCUCGCAGCAUUACGCUGACAGAUAAGGAGCUGGUU----GUAAAAAAACCUCUCCU----------UAGCU--GAGAGGUUU
((((.(((.((((((....))))))..)))))))...((((.((((.....)))).(((.(((((((..((((----.......)))).)))))----------)).))--).))))... ( -40.20)
>consensus
GGCAACCGACCUACA_______AAACACGGUGCUAAUUCUCGCAGCAUUACGCUGACAGAUAAGGAGCCGGAC____GAAAAAAAACCUCUCCU__________CAGCU__AAGAGGUUU
((((.(((.(((((......)))))..)))))))...(((..((((.....))))..))).......................(((((((((...................))))))))) (-25.96 = -25.71 +  -0.25)

alignment

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secondary structure

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Window 6

Location 1,488,845 – 1,488,954
Length 109
Sequences 4
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 67.94
Mean single sequence MFE -31.88
Consensus MFE -24.93
Energy contribution -24.68
Covariance contribution -0.25
Combinations/Pair 1.11
Mean z-score -2.73
Structure conservation index 0.78
SVM decision value 4.53
SVM RNA-class probability 0.999916
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>Blich.0 1488845 109 + 4222334/40-160
AAACCUCUUU-UGCUGC--UUUAGCUAAAAGAGGUUUCGCUUUUCAGGUUCGAAUCCUUAUCUCUCAG-CGUCAGCUGCAAGAAUUAGCACCGUGCUU-------AAAAAGUCGGUUGCC
((((((((((-(((((.--..)))).)))))))))))(((((((.((((.((....((..(((..(((-(....))))..)))...))...)).))))-------.))))).))...... ( -31.40)
>Bsubt.0 1426183 110 + 4214630/40-160
AAACCUCUUCAAACUGCAAUCGCGUCUAAAGAGGUUUCGUUUCUC--GUCCGAAU-CUUAUCUCUCAGCCGCUAGCUGCAAGAAUUAGCACCGUGCUU-------UAUAAGUCGGUUGCC
(((((((((.(.((.((....)))).).)))))))))........--........-....(((..((((.....))))..)))....((((((.(((.-------....)))))).))). ( -25.30)
>Bcere.0 3836046 102 + 5224283/40-160
AAACCUCUC--AGCUA----------AGGAGAGGUUUUUUUAC----AACCAGCUCCUUAUCUGUCAGCGUAAUGCUGCGAGAAUUAGCACCGUGUCUACAAU--UGUAGAUCGGUUGCC
.....((((--((.((----------(((((.((((.......----))))..))))))).))(.((((.....)))))))))....((((((.((((((...--.))))))))).))). ( -35.10)
>Banth.0 3892930 104 + 5227293/40-160
AAACCUCUC--AGCUA----------AGGAGAGGUUUUUUUAC----AACCAGCUCCUUAUCUGUCAGCGUAAUGCUGCGAGAAUUAGCACCGUGUCUACAAUUAUGUAGAUCGGUUGCC
.....((((--((.((----------(((((.((((.......----))))..))))))).))(.((((.....)))))))))....((((((.(((((((....)))))))))).))). ( -35.70)
>consensus
AAACCUCUC__AGCUA__________AAAAGAGGUUUCGUUAC____AACCAAAUCCUUAUCUCUCAGCCGAAAGCUGCAAGAAUUAGCACCGUGCCU_______UAUAAAUCGGUUGCC
(((((((((...................))))))))).......................(((..((((.....))))..)))....((((((.((((((......))))))))).))). (-24.93 = -24.68 +  -0.25)

alignment

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secondary structure

Postscript

dotplot

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Window 7

Location 1,488,845 – 1,488,954
Length 109
Sequences 4
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 67.50
Mean single sequence MFE -34.18
Consensus MFE -24.68
Energy contribution -25.06
Covariance contribution 0.38
Combinations/Pair 1.25
Mean z-score -3.34
Structure conservation index 0.72
SVM decision value 5.34
SVM RNA-class probability 0.999984
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>Blich.0 1488845 109 + 4222334/46-166
CGACUUUUU-------AAGCACGGUGCUAAUUCUUGCAGCUGACG-CUGAGAGAUAAGGAUUCGAACCUGAAAAGCGAAACCUCUUUUAGCUAAA--GCAGCA-AAAGAGGUUUUUUUAU
((.((((((-------(.(..(((..((...(((..((((....)-)))..)))...))..)))..).)))))))))(((((((((((.(((...--..))))-))))))))))...... ( -33.00)
>Bsubt.0 1426183 110 + 4214630/46-166
CGACUUAUA-------AAGCACGGUGCUAAUUCUUGCAGCUAGCGGCUGAGAGAUAAG-AUUCGGAC--GAGAAACGAAACCUCUUUAGACGCGAUUGCAGUUUGAAGAGGUUUUUUGAU
(((((((..-------.(((.....)))...(((..((((.....))))..)))))))-..)))...--.......(((((((((((((((((....)).)))))))))))))))..... ( -33.90)
>Bcere.0 3836046 102 + 5224283/46-166
CGAUCUACA--AUUGUAGACACGGUGCUAAUUCUCGCAGCAUUACGCUGACAGAUAAGGAGCUGGUU----GUAAAAAAACCUCUCCU----------UAGCU--GAGAGGUUUUUUUAU
.(.(((((.--...)))))).((((.((...(((..((((.....))))..)))...)).))))...----(((((((((((((((..----------.....--))))))))))))))) ( -34.20)
>Banth.0 3892930 104 + 5227293/46-166
CGAUCUACAUAAUUGUAGACACGGUGCUAAUUCUCGCAGCAUUACGCUGACAGAUAAGGAGCUGGUU----GUAAAAAAACCUCUCCU----------UAGCU--GAGAGGUUUUUUUAU
.(.((((((....))))))).((((.((...(((..((((.....))))..)))...)).))))...----(((((((((((((((..----------.....--))))))))))))))) ( -35.60)
>consensus
CGACCUACA_______AAACACGGUGCUAAUUCUCGCAGCAUUACGCUGACAGAUAAGGAGCCGGAC____GAAAAAAAACCUCUCCU__________CAGCU__AAGAGGUUUUUUUAU
.(.(((((......)))))).((((......(((..((((.....))))..)))......)))).......(((((((((((((((...................))))))))))))))) (-24.68 = -25.06 +   0.38)

alignment

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secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 8

Location 1,488,845 – 1,488,954
Length 109
Sequences 4
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 67.50
Mean single sequence MFE -28.88
Consensus MFE -17.78
Energy contribution -19.54
Covariance contribution 1.75
Combinations/Pair 1.10
Mean z-score -2.70
Structure conservation index 0.62
SVM decision value 4.31
SVM RNA-class probability 0.999867
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>Blich.0 1488845 109 + 4222334/46-166
AUAAAAAAACCUCUUU-UGCUGC--UUUAGCUAAAAGAGGUUUCGCUUUUCAGGUUCGAAUCCUUAUCUCUCAG-CGUCAGCUGCAAGAAUUAGCACCGUGCUU-------AAAAAGUCG
......((((((((((-(((((.--..)))).))))))))))).((((((.((((.((....((..(((..(((-(....))))..)))...))...)).))))-------.)))))).. ( -30.70)
>Bsubt.0 1426183 110 + 4214630/46-166
AUCAAAAAACCUCUUCAAACUGCAAUCGCGUCUAAAGAGGUUUCGUUUCUC--GUCCGAAU-CUUAUCUCUCAGCCGCUAGCUGCAAGAAUUAGCACCGUGCUU-------UAUAAGUCG
......(((((((((.(.((.((....)))).).)))))))))........--...(((..-(((((((..((((.....))))..)))...(((.....))).-------..))))))) ( -21.40)
>Bcere.0 3836046 102 + 5224283/46-166
AUAAAAAAACCUCUC--AGCUA----------AGGAGAGGUUUUUUUAC----AACCAGCUCCUUAUCUGUCAGCGUAAUGCUGCGAGAAUUAGCACCGUGUCUACAAU--UGUAGAUCG
.((((((((((((((--.....----------..)))))))))))))).----.....(((.....(((..((((.....))))..)))...)))..((.((((((...--.)))))))) ( -31.40)
>Banth.0 3892930 104 + 5227293/46-166
AUAAAAAAACCUCUC--AGCUA----------AGGAGAGGUUUUUUUAC----AACCAGCUCCUUAUCUGUCAGCGUAAUGCUGCGAGAAUUAGCACCGUGUCUACAAUUAUGUAGAUCG
.((((((((((((((--.....----------..)))))))))))))).----.....(((.....(((..((((.....))))..)))...)))..((.(((((((....))))))))) ( -32.00)
>consensus
AUAAAAAAACCUCUC__AGCUA__________AAAAGAGGUUUCGUUAC____AACCAAAUCCUUAUCUCUCAGCCGAAAGCUGCAAGAAUUAGCACCGUGCCU_______UAUAAAUCG
.((((((((((((((...................))))))))))))))..................(((..((((.....))))..)))........((.((((((......)))))))) (-17.78 = -19.54 +   1.75)

alignment

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