Ablauf

1. Schritt

Laden der Daten von ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/genomes/Bacteria/ (*.gbk und *.ptt)

• bacillus anthracis

• bacillus cereus

• bacillus clausii

• bacillus halodurans

• bacillus licheniformis

• bacillus subtilis

2. Schritt

• Herausschneiden der codierenden Sequenzen durch cut_coding.pl (umbenennen der Dateien 'Banth', 'Bcere', 'Bclau', 'Bholo', 'Blich', 'Bsubt')

• erstellen des phylogenetischen Baumes aus Sekundaerliteratur:

  ((Bhalo Bclau)((Banth Bcere)(Bsubt Blich)))

• Quellen:

  Paper1 Fig. 1

  Fig. 2

  Fig. 3

  Paper 2 Fig 4

• erstellen von paarweisen Alignments mittels all_bz durch den phylogenetischen Baum

• starten von TBA -> erstellt die Threaded Block Alignments aller Genome (tba.maf)

3. Schritt

Ab hier haben wir 2 Wege der Verarbeitung verfolgt:

1. Weg

• Erstellen des Scriptes 'mafedit.pl' zum Umwandeln der .maf-Datei in FASTA-Format-Dateien, so dass nur Alignments mit mehr als 20 Basen und wenigstens 3 Sequenzen übernommen werden

• Anwenden von 'mafedit.pl' auf die tba.maf-Datei

• Anwenden von ClustalW auf die mit 'mafedit.pl' erstellte Datei, um die Alignments zu verbessern

• dann trimmen der entstandenen Datei mittels TrimRealignments.pl (Skript von dominic)

• Anwendung von Programm RNAZwindow auf getrimmte Datei (Erstellen von Fenstern, (Size = 120, Slide = 40 ) da ab 400 Basen keine Struktur mehr erkennbar)

• Anwenden von 'RNAz -b -g' auf die neue Datei um Sekundärstrukturen zu finden

• Anwenden von rnazCluster -> erstellen der results.dat

• erstellt wurden 150 Loki

• RNAzBLAST gestartet mit /NONCODE und mit /Rfam mit den results von RNAzCLUSTER

2. Weg

• Anwendung von Programm RNAZwindow auf die tba.maf Datei (Erstellen von Fenstern, (Size = 120, Slide = 40 ) da ab 400 Basen keine Struktur mehr erkennbar)

• Anwenden von 'RNAz -b -g' auf das Ergebnis

• Anwenden von rnazCluster -> erstellen der results.dat

• erstellt 64 Loki

• RNAzBLAST gestartet mit /NONCODE und dann mit /Rfam mit den results von RNAzCLUSTER, im Anschluss wurde das Ergebnis mit den vorhandenen *.frn Files aus der NCBI Datenbank geblastet, um schon bekannte RNA Sequenzen zu annotieren.

4. Schritt

TRNAscan

• Anwenden von tRNAscan auf die von TBA erstellte datei und den OriginalOutput des all_bz

• Original: 500 RNA-Schnipsel

• TBA: 304 RNA-Schnipsel

• ABER: 174 gleiche RNA-Schnipsel

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