Locus 112

Sequence ID sy_au.0
Location 2,803,278 – 2,803,396
Length 118
Max. P 0.999983
window638 window639 window640 window641

overview

Window 8

Location 2,803,278 – 2,803,396
Length 118
Sequences 4
Columns 119
Reading direction forward
Mean pairwise identity 74.65
Mean single sequence MFE -41.04
Consensus MFE -33.00
Energy contribution -34.88
Covariance contribution 1.88
Combinations/Pair 1.38
Mean z-score -4.86
Structure conservation index 0.80
SVM decision value 4.69
SVM RNA-class probability 0.999939
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>sy_au.0 2803278 118 + 2809422
AGGGAGUGGGACAGAAAUGAUAUUUUCGCAAAAUUUAUUUCGUCGUCCCACCCCAGCAAGGUUGACUAGAAUUGAAAAAAGCUUGUUACAAGCGCAUUUUCGU-UCAGUCAACUACUGC
.(((.(((((((.(((((((.((((.....)))))))))))...)))))))))).(((.((((((((.((((.(((((..(((((...)))))...)))))))-))))))))))..))) ( -46.80)
>sy_ha.0 482537 119 + 2685015
AGGGAGUAGGACAGAAAUAAUAUUUUCUCAAAAUUUAUUUCGUAGUCCUACCCCGGCAAGGAUGACUAGGUUUGAAAAAAGCUUGAUUCAAGCGCAUUUUCAAAUCAGUCAGCUACUGA
.(((.(((((((.(((((((.((((.....)))))))))))...)))))))))).....((.(((((.((((((((((..(((((...)))))...))))))))))))))).))..... ( -43.50)
>sy_sa.0 2080833 118 + 2516575
AGGGAGUGGGACAGAAAUCAAAUUUUU-UAAUAGAGAUUUCGUAGUCCAACCCCGGCAAGGAUGACUAGGAUUGAAAAAAGCUUGAUAUAAGCGUAUUUUCAAUUCAGUCAUCUACUGC
.(((.((.((((.((((((........-.......))))))...)))).))))).(((.((((((((.((((((((((..(((((...)))))...))))))))))))))))))..))) ( -43.46)
>sp_pn.0 767243 116 - 2038615
AGAAAAUGAGGCAGAUUCGGUAACUCGAAGAGUUCGAUUUCAUCGUCUUACCCCUGCAACGAUGACUAGGUUUGAAAAAGA-UUGCUA-GAGCGCAUUU-CAAACCAUGCAGCAACUGC
..........((((....(((((..(((.(((......))).)))..))))).(((((..(....)..(((((((((....-.(((..-....))))))-)))))).)))))...)))) ( -30.40)
>consensus
AGGGAGUGGGACAGAAAUGAUAUUUUC_CAAAAUUGAUUUCGUAGUCCUACCCCGGCAAGGAUGACUAGGAUUGAAAAAAGCUUGAUACAAGCGCAUUUUCAAAUCAGUCAGCUACUGC
.(((.(((((((.(((((((.(((((...))))))))))))...)))))))))).....((((((((.((((((((((..(((((...)))))...))))))))))))))))))..... (-33.00 = -34.88 +   1.88)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 9

Location 2,803,278 – 2,803,396
Length 118
Sequences 4
Columns 119
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 74.65
Mean single sequence MFE -37.77
Consensus MFE -29.39
Energy contribution -31.82
Covariance contribution 2.44
Combinations/Pair 1.33
Mean z-score -4.30
Structure conservation index 0.78
SVM decision value 5.31
SVM RNA-class probability 0.999983
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>sy_au.0 2803278 118 + 2809422
GCAGUAGUUGACUGA-ACGAAAAUGCGCUUGUAACAAGCUUUUUUCAAUUCUAGUCAACCUUGCUGGGGUGGGACGACGAAAUAAAUUUUGCGAAAAUAUCAUUUCUGUCCCACUCCCU
((((..(((((((((-(.(((((...(((((...)))))..)))))..))).))))))).)))).(((((((((((.(((((....))))))((((......)))).)))))))))).. ( -41.70)
>sy_ha.0 482537 119 + 2685015
UCAGUAGCUGACUGAUUUGAAAAUGCGCUUGAAUCAAGCUUUUUUCAAACCUAGUCAUCCUUGCCGGGGUAGGACUACGAAAUAAAUUUUGAGAAAAUAUUAUUUCUGUCCUACUCCCU
...((((.((((((.((((((((...(((((...)))))..))))))))..))))))...)))).((((((((((...(((((((..(((....)))..))))))).)))))))))).. ( -39.00)
>sy_sa.0 2080833 118 + 2516575
GCAGUAGAUGACUGAAUUGAAAAUACGCUUAUAUCAAGCUUUUUUCAAUCCUAGUCAUCCUUGCCGGGGUUGGACUACGAAAUCUCUAUUA-AAAAAUUUGAUUUCUGUCCCACUCCCU
((((..((((((((.((((((((...((((.....))))..))))))))..)))))))).)))).(((((.((((...((((((...(((.-...)))..)))))).)))).))))).. ( -39.70)
>sp_pn.0 767243 116 - 2038615
GCAGUUGCUGCAUGGUUUG-AAAUGCGCUC-UAGCAA-UCUUUUUCAAACCUAGUCAUCGUUGCAGGGGUAAGACGAUGAAAUCGAACUCUUCGAGUUACCGAAUCUGCCUCAUUUUCU
((((...(((((.((((((-((((((....-..))).-....)))))))))..........))))).(((((..(((.((........)).)))..)))))....)))).......... ( -30.70)
>consensus
GCAGUAGCUGACUGAUUUGAAAAUGCGCUUGUAUCAAGCUUUUUUCAAACCUAGUCAUCCUUGCCGGGGUAGGACGACGAAAUAAAUUUUG_GAAAAUAUCAUUUCUGUCCCACUCCCU
(((...(((((((((((((((((...((((.....))))..)))))))))).)))))))..))).((((((((((...((((((((((((...))))).))))))).)))))))))).. (-29.39 = -31.82 +   2.44) 
# Strand winner: forward (0.98)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 0

Location 2,803,278 – 2,803,396
Length 118
Sequences 4
Columns 119
Reading direction forward
Mean pairwise identity 74.65
Mean single sequence MFE -41.04
Consensus MFE -33.00
Energy contribution -34.88
Covariance contribution 1.88
Combinations/Pair 1.38
Mean z-score -4.86
Structure conservation index 0.80
SVM decision value 4.69
SVM RNA-class probability 0.999939
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>sy_au.0 2803278 118 + 2809422/0-119
AGGGAGUGGGACAGAAAUGAUAUUUUCGCAAAAUUUAUUUCGUCGUCCCACCCCAGCAAGGUUGACUAGAAUUGAAAAAAGCUUGUUACAAGCGCAUUUUCGU-UCAGUCAACUACUGC
.(((.(((((((.(((((((.((((.....)))))))))))...)))))))))).(((.((((((((.((((.(((((..(((((...)))))...)))))))-))))))))))..))) ( -46.80)
>sy_ha.0 482537 119 + 2685015/0-119
AGGGAGUAGGACAGAAAUAAUAUUUUCUCAAAAUUUAUUUCGUAGUCCUACCCCGGCAAGGAUGACUAGGUUUGAAAAAAGCUUGAUUCAAGCGCAUUUUCAAAUCAGUCAGCUACUGA
.(((.(((((((.(((((((.((((.....)))))))))))...)))))))))).....((.(((((.((((((((((..(((((...)))))...))))))))))))))).))..... ( -43.50)
>sy_sa.0 2080833 118 + 2516575/0-119
AGGGAGUGGGACAGAAAUCAAAUUUUU-UAAUAGAGAUUUCGUAGUCCAACCCCGGCAAGGAUGACUAGGAUUGAAAAAAGCUUGAUAUAAGCGUAUUUUCAAUUCAGUCAUCUACUGC
.(((.((.((((.((((((........-.......))))))...)))).))))).(((.((((((((.((((((((((..(((((...)))))...))))))))))))))))))..))) ( -43.46)
>sp_pn.0 767243 116 - 2038615/0-119
AGAAAAUGAGGCAGAUUCGGUAACUCGAAGAGUUCGAUUUCAUCGUCUUACCCCUGCAACGAUGACUAGGUUUGAAAAAGA-UUGCUA-GAGCGCAUUU-CAAACCAUGCAGCAACUGC
..........((((....(((((..(((.(((......))).)))..))))).(((((..(....)..(((((((((....-.(((..-....))))))-)))))).)))))...)))) ( -30.40)
>consensus
AGGGAGUGGGACAGAAAUGAUAUUUUC_CAAAAUUGAUUUCGUAGUCCUACCCCGGCAAGGAUGACUAGGAUUGAAAAAAGCUUGAUACAAGCGCAUUUUCAAAUCAGUCAGCUACUGC
.(((.(((((((.(((((((.(((((...))))))))))))...)))))))))).....((((((((.((((((((((..(((((...)))))...))))))))))))))))))..... (-33.00 = -34.88 +   1.88)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 1

Location 2,803,278 – 2,803,396
Length 118
Sequences 4
Columns 119
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 74.65
Mean single sequence MFE -37.77
Consensus MFE -29.39
Energy contribution -31.82
Covariance contribution 2.44
Combinations/Pair 1.33
Mean z-score -4.30
Structure conservation index 0.78
SVM decision value 5.31
SVM RNA-class probability 0.999983
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>sy_au.0 2803278 118 + 2809422/0-119
GCAGUAGUUGACUGA-ACGAAAAUGCGCUUGUAACAAGCUUUUUUCAAUUCUAGUCAACCUUGCUGGGGUGGGACGACGAAAUAAAUUUUGCGAAAAUAUCAUUUCUGUCCCACUCCCU
((((..(((((((((-(.(((((...(((((...)))))..)))))..))).))))))).)))).(((((((((((.(((((....))))))((((......)))).)))))))))).. ( -41.70)
>sy_ha.0 482537 119 + 2685015/0-119
UCAGUAGCUGACUGAUUUGAAAAUGCGCUUGAAUCAAGCUUUUUUCAAACCUAGUCAUCCUUGCCGGGGUAGGACUACGAAAUAAAUUUUGAGAAAAUAUUAUUUCUGUCCUACUCCCU
...((((.((((((.((((((((...(((((...)))))..))))))))..))))))...)))).((((((((((...(((((((..(((....)))..))))))).)))))))))).. ( -39.00)
>sy_sa.0 2080833 118 + 2516575/0-119
GCAGUAGAUGACUGAAUUGAAAAUACGCUUAUAUCAAGCUUUUUUCAAUCCUAGUCAUCCUUGCCGGGGUUGGACUACGAAAUCUCUAUUA-AAAAAUUUGAUUUCUGUCCCACUCCCU
((((..((((((((.((((((((...((((.....))))..))))))))..)))))))).)))).(((((.((((...((((((...(((.-...)))..)))))).)))).))))).. ( -39.70)
>sp_pn.0 767243 116 - 2038615/0-119
GCAGUUGCUGCAUGGUUUG-AAAUGCGCUC-UAGCAA-UCUUUUUCAAACCUAGUCAUCGUUGCAGGGGUAAGACGAUGAAAUCGAACUCUUCGAGUUACCGAAUCUGCCUCAUUUUCU
((((...(((((.((((((-((((((....-..))).-....)))))))))..........))))).(((((..(((.((........)).)))..)))))....)))).......... ( -30.70)
>consensus
GCAGUAGCUGACUGAUUUGAAAAUGCGCUUGUAUCAAGCUUUUUUCAAACCUAGUCAUCCUUGCCGGGGUAGGACGACGAAAUAAAUUUUG_GAAAAUAUCAUUUCUGUCCCACUCCCU
(((...(((((((((((((((((...((((.....))))..)))))))))).)))))))..))).((((((((((...((((((((((((...))))).))))))).)))))))))).. (-29.39 = -31.82 +   2.44) 
# Strand winner: forward (0.98)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz $RNAz::rnazVersion) on Thu Apr 6 18:59:27 2006