<![CDATA[
<body bgcolor="#CCDDFF" text="#000000">
<table width="100%" border="0" height="100%">
<tr>
<td valign="bottom">
<h2 align="center">Praktikum Bioinformatik - Modul Nukleinsäuren </h2>
<p align="center"></p>
<h3 align="center">Familie der Dicistroviridae</h3>
<p align="center"> </p>
<p align="center"> </p>
<h6 align="center">Christine Körner, Torsten Glomb</h6>
</td>
</tr>
<tr>
<td align="center">
<table width="685" border="0">
<tr>
<td height="218"><img src="figures/fig1.gif" width="685" height="218" border="0"></td>
</tr>
<tr>
<td>
<h5>Abb. 1: Morphologie des Cricket Paralysis Virus</h5>
</td>
</tr>
</table>
</td>
</tr>
</table>
<h3><font face="Arial, Helvetica, sans-serif">1. Aufgabenstellung</font></h3>
<p align="justify">Im Rahmen des Praktikums sollten konservierte Sekundärstrukturelemente
von RNA-Viren mit bioinformatischen Methoden gefunden werden. Konservierte Strukturelemente
sind gleichartige Faltungen der Sekundästruktur bei unterschiedlichen Primärstrukturen.
Daraus lassen sich Rückschlüsse auf funktional wichtige Bereiche der
RNA ziehen. Desweiteren wurde eine Analyse der Verwandtschaftsverhältnisse
der untersuchten Virenarten vorgenommen.</p>
<h3><font face="Arial, Helvetica, sans-serif">2. Einführung</font></h3>
<p align="justify">Die Dicistroviridae bilden eine Familie deren Spezies ein einsträngiges
RNA-Genom in Positivstrangordnung (positive stranded single strand RNA - +ssRNA)
besitzen. Es ist bisher nur die Gattung der Cripaviren in dieser Familie enthalten.
Folgende Virenarten gliedern sich in diese Gattung ein: </p>
<table width="100%" border="0">
<tr>
<td width="10%"> </td>
<td width="80%">
<p>Sicher zugeordnet:<br>
• Drosophila C virus (DCV)<br>
• Himetobi P virus (HiPV)<br>
• Plautia stali intestine virus (PSIV)<br>
• Rhopalosiphum padi virus (RhPV)<br>
• Black queen cell virus (BQCV)<br>
• Cricket paralysis virus (CrPV)<br>
• Triatoma virus (TrV)</p>
<p>Vorläufig oder noch nicht zugeordnet:<br>
• Acute bee paralysis virus (ABPV)<br>
• Aphid lethal paralysis virus (ALPV)<br>
• Taura syndrome virus (TSV)<br>
• Kashmir bee virus (KBV)<br>
• Cloudy wing virus (CWV)</p>
</td>
<td width="10%"> </td>
</tr>
</table>
<p align="justify">Der Name Dicistroviridae leitet sich aus dem dicistronischen
Charakter (zwei Polypeptidketten kodierend) der Virenfamilie ab. Als Grundlage
für den Gattungsnamen Cripavirus diente der Cricket Paralysis Virus. An
diesem ist im folgenden Bild die genetische Struktur gezeigt.</p>
<table width="662" border="0" height="96" align="center">
<tr>
<td height="96"><img src="figures/fig2.gif" width="662"></td>
</tr>
<tr>
<td>
<h5>Abb. 2: Genomstruktur des Cricket Paralysis Virus</h5>
</td>
</tr>
</table>
<p align="justify">Die vier farbigen Abschnitte VP1 bis VP4 kodieren je ein Kapsidprotein.
Die IGR (intergenic region) agiert als interne Ribosomenbindungsstelle (internal
ribosom entry site - IRES). Diese ermöglicht eine vom üblichen Startkodon
(AUG) unabhängige Proteinsynthese. Die nicht translatierte 5' Region einiger
Dicistroviridae fungiert ebenfalls als IRES, obwohl die Translation hier auf
herkömmliche Weise mittels Methionin initiiert wird. Die meisten Arten
der Dicistroviridae besitzen außerdem am 5' Ende ihres Genoms ein kovalent
angelagertes Protein (VPg).</p>
<p align="justify">Die Virionen der Familie Dicistroviridae haben einen Durchmesser
von ca. 30 nm. Es werden hauptsächlich wirbellose Wirte, wie z.B. Honigbiene,
Drosophila, Garnelen und verschiedene Grillenarten befallen.</p>
<h3><font face="Arial, Helvetica, sans-serif">3. Durchführung</font></h3>
<h4>3.1 Datengewinnung </h4>
<p align="justify">Für die Gewinnung der Daten sind die Datenbanken NCBI
und ICTV nach vollständigen Genomen (CG - complete genome) durchsucht worden.
Bei mehreren Genomsätzen einer Spezies wurden jeweils die neueren Daten
verwendet. Zu jeder klassifizierten Spezies wurde genau ein Genom gefunden.
Die Datenauswahl gestaltete sich wie folgt:</p>
› NBCI
<table width="100%" border="0">
<tr>
<td width="10%"> </td>
<td width="55%">• Drosophila C virus (DCV)<br>
• Himetobi P virus (HiPV)<br>
• Plautia stali intestine virus (PSIV)<br>
• Rhopalosiphum padi virus (RhPV)*<br>
• Aphid lethal paralysis virus (ALPV)*<br>
• Acute bee paralysis virus (ABPV)<br>
• Taura syndrome virus (TSV)*</td>
<td width="15%">
<p align="right"><a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/cgi-bin/Entrez/framik?db=Genome&gi=12543">NC_001834</a><br>
<a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/cgi-bin/Entrez/framik?db=Genome&gi=16271">NC_003782</a><br>
<a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/cgi-bin/Entrez/framik?db=Genome&gi=16268">NC_003779</a><br>
<a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/cgi-bin/Entrez/framik?db=Genome&gi=13328">NC_001874</a><br>
<a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/cgi-bin/Entrez/framik?db=Genome&gi=16754">NC_004365</a><br>
<a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?val=AF150629">AF150629</a><br>
<a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/cgi-bin/Entrez/framik?db=Genome&gi=15715">NC_003005</a></p>
</td>
<td width="20%"> </td>
</tr>
</table>
<br>
› ICTV
<table width="100%" border="0">
<tr>
<td width="10%"> </td>
<td width="55%">• Black queen cell virus (BQCV)<br>
• Cricket paralysis virus (CrPV)<br>
• Triatoma virus (TrV)</td>
<td width="15%">
<p align="right"><a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/htbin-post/Entrez/query?db=n&p&form=6&Dopt=g&uid=AF183905">AF18390</a><br>
<a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/htbin-post/Entrez/query?db=n&p&form=6&Dopt=g&uid=AF218039">AF218039</a><br>
<a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/htbin-post/Entrez/query?db=n&p&form=6&Dopt=g&uid=AF178440">AF178440</a></p>
</td>
<td width="20%"> </td>
</tr>
<tr>
<td width="10%"> </td>
<td colspan="3"><font size="-1"><br>
*Diese Sequenzen wurden bei späteren Analysen nicht weiter betrachtet,
da sie zu einem schlechten Alignment führten.</font></td>
</tr>
</table>
<h4>3.2 Multiples Alignment und phylogenetischer Baum </h4>
<p align="justify">Die Sequenzen der gefundenen Datensätze sind im FASTA-Format
heruntergeladen und in der Datei <a href="data/seq/allSeq.txt">allSeq.txt</a>
zusammengefügt worden. Das multiple Alignment wurde zunächst mit ClustalW
durchgeführt und die Datei <a href="data/seq/allSeq.aln">allSeq.aln</a>
erstellt.</p>
<p align="justify">Mittels des Perl-Scripts <a href="data/aln2nex.pl">aln2nex.pl</a>
wurde allSeq.aln in das Nexus-Format (<a href="data/seq/allSeq.nxs">allSeq.nxs</a>)
umgewandelt. Mit Hilfe von <a href="http://www.mathematik.uni-bielefeld.de/%7Ehuson/phylogenetics/splitstree.html">Splitstree</a>
wurde daraus der folgende phylogenetische Baum erstellt:</p>
<table width="420" border="0" align="center">
<tr>
<td><img src="figures/fig3.gif" width="420" height="422"></td>
</tr>
<tr>
<td>
<h5>Abb. 3: Phylogenetischer Baum 1</h5>
</td>
</tr>
</table>
<p align="justify">Dieser Baum lässt die verwandtschaftlichen Verhältnisse
nicht klar erkennen. Daher wurde zur Sicherheit ein zweites Alignment mit <a href="http://www.tbi.univie.ac.at/%7Eroman/">code2aln</a>
durchgeführt. Äquivalent zur obigen Vorgehensweise, wurde aus der
Datei <a href="data/seq/allSeq.txt">allSeq.txt</a> die Datei <a href="data/seq/aln.aln">aln.aln</a>
durch multiples Alignment gewonnen. Nach der Umwandlung ins Nexus-Format, wurde
aus der erhaltenen Datei (<a href="data/seq/aln.nxs">aln.nxs</a>) ein weiterer
phylogenetischer Baum mittels Splitstree erstellt.</p>
<table width="420" border="0" align="center">
<tr>
<td><img src="figures/fig4.gif" width="420" height="421"></td>
</tr>
<tr>
<td>
<h5>Abb. 4: Phylogenetischer Baum 2</h5>
</td>
</tr>
</table>
<h4>3.3 Vorhersage der Sekundärstruktur </h4>
<p align="justify">Die Berechnung der energetisch günstigsten Struktur erfolgte
durch das <a href="http://www.tbi.univie.ac.at/RNA">ViennaRNA-Package</a>. Darin
enthalten ist das Tool RNAfold, das die Faltung der RNA berechnet. Zunächst
mussten jedoch die Sequenzdateien im FASTA-Format aufbereitet werden. Dies geschah
mit dem Tool readseq, welches ebenfalls zum ViennaRNA-Package gehört.</p>
<h4>3.4 Ermittlung konservierter RNA-Strukturelemente</h4>
<p align="justify">Die folgenden Analysen wurden mit <a href="http://www.tbi.univie.ac.at/RNA/ALIDOT/">Alidot</a>
und dem <a href="http://rna.tbi.univie.ac.at/cgi-bin/alifold.cgi">alifold-Webinterface</a>
durchgeführt. Alidot sucht konservierte Sekundärstrukturelemente mit
Hilfe der zuvor erstellten Faltungs- und Alignmentdaten. Die Ausgabe erfolgte
in die Dateien alidot.out und aln_pf_dp.ps. Diese können mit AliDot.pl
als Dotplot betrachtet werden. Ebenso dienen sie als Eingabe zur Erstellung
eines Mountainplot mittels cmount.pl.</p>
<table width="413" border="0" align="center">
<tr>
<td><img src="figures/fig5.gif" width="413" height="480"></td>
</tr>
<tr>
<td>
<h5>Abb. 5: Mountplot 1</h5>
</td>
</tr>
</table>
<p align="justify">Der höchste Peak (zwischen 7000 und 8000) erreichte eine
Wahrscheinlichkeit von lediglich 25,4 %. Zudem kennzeichnet die rote Färbung,
dass nur geringfügig kompensatorische Mutationen vorliegen. Nach nochmaliger
Betrachtung des Alignments wurden daher die Sequenzen der Spezies ALPV, RhPV
und TSV aus der Analyse ausgeschlossen, da sie den größten Anteil
an der Gap-Bildung im Alignment verursachten.</p>
<p align="justify">Mit den verbliebenen Sequenzen wurde erneut ein Alignment mittels
ClustalW durchgeführt (<a href="data/seq1/allSeq.txt">allSeq.txt</a>, <a href="data/seq1/allSeq.aln">allSeq.aln</a>).
Die Analyse mit Alidot ergab den folgenden Mountainplot.</p>
<table width="460" border="0" align="center">
<tr>
<td><img src="figures/fig6.gif" width="460" height="481"></td>
</tr>
<tr>
<td>
<h5>Abb. 6: Mountplot 2</h5>
</td>
</tr>
</table>
<p align="justify">Die beiden Peaks mit den höchsten Wahrscheinlichkeiten
(6687-6754, 6784-6824), lieferten zugleich die höchsten kompensatorischen
Mutationen. Daher wurden ihre Sequenzabschnitte aus dem multiplen Alignment
mit consens.pl extrahiert. Die grafische Darstellung der Sekundärstruktur
erfolgte mit RNAplot und wurde mit anote.pl annotiert. Zur Überprüfung
wurden die Sequenzabschnitte noch einmal mit <a href="ftp://ftp-igbmc.u-strasbg.fr/pub/ClustalX/">ClustalX</a>
aus dem Alignment herausgeschnitten und mit dem <a href="http://rna.tbi.univie.ac.at/cgi-bin/alifold.cgi">alifold-Webinterface</a>
abgebildet und annotiert.</p>
<table width="100%" border="0">
<tr>
<td width="20%">
<div align="center">RNAplot / annote.pl</div>
</td>
<td width="35%" bgcolor="#FFFFFF" bordercolor="#FFFFFF">
<div align="center"><img src="figures/fig7.gif" width="141" height="351"></div>
</td>
<td width="35%" bgcolor="#FFFFFF" bordercolor="#FFFFFF">
<div align="center"><img src="figures/fig8.gif" width="121" height="358"></div>
</td>
<td width="10%"> </td>
</tr>
<tr>
<td width="20%">
<h5> </h5>
</td>
<td width="35%">
<h5 align="center">Abb. 7: 6687-6754</h5>
</td>
<td width="35%">
<h5 align="center">Abb. 8: 6784-6824</h5>
</td>
<td width="10%">
<h5> </h5>
</td>
</tr>
<tr>
<td width="20%">
<div align="center">alifold-Webinterface</div>
</td>
<td width="35%" bgcolor="#FFFFFF" bordercolor="#FFFFFF">
<div align="center"><img src="figures/fig9.gif" width="117" height="342"></div>
</td>
<td width="35%" bgcolor="#FFFFFF" bordercolor="#FFFFFF">
<div align="center"><img src="figures/fig10.gif" width="116" height="350"></div>
</td>
<td width="10%"> </td>
</tr>
<tr>
<td width="20%">
<h5> </h5>
</td>
<td width="35%">
<h5 align="center">Abb. 9: 6687-6754</h5>
</td>
<td width="35%">
<h5 align="center">Abb. 10: 6784-6824</h5>
</td>
<td width="10%">
<h5> </h5>
</td>
</tr>
</table>
<p align="justify">Die mit Kreisen markierten Basen stellen kompensatorische Mutationen
dar, während graue Basen Inkompatibilität verdeutlichen.</p>
<h3>4. Auswertung</h3>
<h4>4.1 Multiples Alignment und phylogenetischer Baum</h4>
<p align="justify">Bei beiden phylogenetischen Bäumen sind im Wesentlichen
drei Gruppen zu erkennen. Eine Gruppe wird von den Spezies DCV und CrPV gebildet.
Eine weitere Zweiergruppe ergibt sich durch ALPV und RhPV. Die Spezies BQCV,
PSIV, TRV und HiPV ergeben schließlich die dritte und größte
Gruppe. Abseits dieser drei Gruppen gliedern sich ABPV und TSV in den phylogenetischen
Baum ein.</p>
<h4>4.2 Konservierte RNA-Strukturelemente</h4>
<p align="justify">Bei der Analyse des Mountainplots mit reduzierter Sequenzanzahl
wurden zwei vielversprechende Sequenzausschnitte selektiert.</p>
<p> </p>
<table width="100%" border="0">
<tr>
<td width="60%" bgcolor="#FFFFFF">
<div align="center"><img src="figures/fig11.jpg" width="474" height="491"></div>
</td>
<td width="20%">
<div align="center"><img src="figures/arrow.gif" width="61" height="41"></div>
</td>
<td width="20%" bgcolor="#FFFFFF">
<div align="center"><img src="figures/fig12.jpg" width="97" height="573"></div>
</td>
</tr>
<tr>
<td width="60%" valign="top">
<h5>Abb. 11: Mountplot 2 mit markierten Peaks</h5>
</td>
<td width="20%">
<h5> </h5>
</td>
<td width="20%" valign="top">
<h5>Abb. 12: Vergrößerung der markierten Peaks</h5>
</td>
</tr>
</table>
<p align="justify">Die Wahrscheinlichkeit für den linken Peak (6687-6754)
beträgt ~63 % und für den rechten (6784-6824) ~38 %. Die Farben der
beiden Peaks sprechen für eine hohe kompensatorische Mutationsrate innerhalb
dieser Sequenzabschnitte.</p>
<p align="justify">Die vorhergesagte Sekundärstruktur beider Sequenzstücke
weist aufgrund häufiger Basenpaarung eine stabile Struktur auf. Durch die
Anzahl der vielen kompensatorischen Mutationen handelt es sich bei den gefundenen
Sequenzstücken mit hoher Wahrscheinlichkeit um konservierte Sekundärstrukturen
innerhalb der Familie der Dicistroviridae.</p>
<p align="justify">Ein Vergleich mit der Literatur (<a href="http://www.danforthcenter.org/iltab/ICTVnet/images/paris/Dicistroviridae_Poster.pdf">Dicistroviridae
Poster; Christian, P. et.al.</a>) ergab, dass diese beiden Sequenzen Teilabschnitte
des IGR-IRES Elements darstellen. Laut Christian, P. et al., ist die gesamte
IGR-IRES bei den Dicistroviridae stark konserviert. Sie ermittelten für
vier Vertreter (CrPV, PSIV, BQCV, ABPV) die Sekundärstruktur der IGR-IRES.</p>
<table width="589" border="0" align="center">
<tr>
<td><img src="figures/fig13.gif" width="589" height="578"></td>
</tr>
<tr>
<td>
<h5>Abb. 13: Sekundärstrukturen von CrPV, PSIV, ABPV, TSV, BQCV</h5>
</td>
</tr>
</table>
<p align="justify">Es stellte sich heraus, dass es sich bei den von uns gefundenen
Strukturen um die mit 1 (gelb) und 2 (lila) markierten Regionen handelt. Im
Mountainplot lassen sich ebenenfalls die grün und blau markierte Abschnitte
finden. Jedoch erzielen diese nur geringe Wahrscheinlichkeiten und wurden von
alidot nicht vornehmlich als kompensatorische Mutationen eingestuft. Die Ursache
dafür kann in unterschiedlich ausfallenden Sequenzstrukturen (siehe letzte
Strukturausprägung Abb. 13), sowie dem Alignment liegen.</p>
<table width="100%" border="0">
<tr>
<td width="35%" bgcolor="#FFFFFF">
<div align="center"><img src="figures/fig14.jpg" width="255" height="370"></div>
</td>
<td width="10%"> </td>
<td width="25%" bgcolor="#FFFFFF">
<div align="center"><img src="figures/fig15.jpg" width="97" height="574"></div>
</td>
<td width="10%"> </td>
<td width="20%" bgcolor="#FFFFFF">
<div align="center"><img src="figures/fig16.jpg" width="97" height="573"></div>
</td>
</tr>
<tr valign="top">
<td width="35%">
<h5>Abb. 14: gefundene Regionen am Bsp. CrPV</h5>
</td>
<td width="10%">
<h5> </h5>
</td>
<td width="25%">
<h5>Abb. 15: Mountplot 2 mit Vergrößerungsausschnitt</h5>
</td>
<td width="10%">
<h5> </h5>
</td>
<td width="20%">
<h5>Abb. 16: Mountplot 2<br>
Strukturen mit geringerer Wahrscheinlichkeit</h5>
</td>
</tr>
</table>
<p align="justify">Die vorhergesagte konservierte Sekundärstruktur der gesamten
IGR-IRES Region unseres Alignments zeigt die nachstehende Grafik. Der in obiger
Abbildung grün hervorgehobene Abschnitt wurde mit drei kompensatorischen
Basenpaaren modelliert. Zwei dieser Paare besitzen eine dunkelgraue Abstufung
und bezeigen daher eine leichte Inkompatibilität. Die vierte konservierte
Struktur (oben blau) wurde nicht gefunden, was auf ein ungenaues Alignment /
Sequenzen zurückgeführt werden könnte.</p>
<table width="50%" border="0" align="center">
<tr>
<td><img src="figures/fig17.gif" width="557" height="300"></td>
</tr>
<tr>
<td>
<h5>Abb. 17: Vorhergesagte Sekundärstruktur der gesamten IGR-IRES Region</h5>
</td>
</tr>
</table>
<h3>5. Quellen </h3>
<h4>5.1 Literatur</h4>
<table width="100%" border="0">
<tr>
<td width="25%" valign="top">Christian, P. et. al.</td>
<td width="75%">Dicistroviridae_Poster.pdf; Danforth Center; <a href="http://www.danforthcenter.org/iltab/ICTVnet/images/paris/Dicistroviridae_Poster.pdf">http://www.danforthcenter.org/iltab/ICTVnet/images/paris/Dicistroviridae_Poster.pdf</a>;
31.03.2003</td>
</tr>
<tr>
<td width="25%" valign="top">Christian, P.</td>
<td width="75%">psr04.dicistro.v2.doc; Danforth Center; <a href="http://www.danforthcenter.org/upload/ictvbook/dicistroviridae/psr04.dicistro.v2.doc">http://www.danforthcenter.org/upload/ictvbook/dicistroviridae/psr04.dicistro.v2.doc</a>;
04.04.2003</td>
</tr>
<tr>
<td width="25%" valign="top">Christian, P.</td>
<td width="75%">ft2003.090-91i.01.dicis.usp.doc; Danforth Center; <a href="http://www.danforthcenter.org/upload/ictvupload/ft2003.090-91i.01.dicis.usp.doc">http://www.danforthcenter.org/upload/ictvupload/ft2003.090-91i.01.dicis.usp.doc</a>;
24.04.2003 </td>
</tr>
<tr>
<td width="25%" valign="top">ICTV</td>
<td width="75%">Index of Viruses, <a href="http://www.ictvdb.iacr.ac.uk/Ictv/fs_dicis.htm">http://www.ictvdb.iacr.ac.uk/Ictv/fs_dicis.htm</a>,
31.03.2003</td>
</tr>
<tr>
<td width="25%" valign="top">Institute for Animal Health</td>
<td width="75%"><a href="http://www.iah.bbsrc.ac.uk/virus/Dicistroviridae/">http://www.iah.bbsrc.ac.uk/virus/Dicistroviridae/</a>;
31.03.2003</td>
</tr>
<tr>
<td width="25%" valign="top">NCBI</td>
<td width="75%"><a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/PMGifs/Genomes/144051.html">http://www.ncbi.nlm.nih.gov/PMGifs/Genomes/144051.html</a>,
31.03.2003</td>
</tr>
</table>
<h4> 5.2 Abbildungsverzeichnis</h4>
<table width="100%" border="0">
<tr>
<td width="15%" valign="top">Abb. 1:</td>
<td width="85%">Morphologie des Cricket Paralysis Virus, Christian, P</td>
</tr>
<tr>
<td width="15%" valign="top">Abb. 2:</td>
<td width="85%">Genomstruktur des Cricket Paralysis Virus, Christian, P. et.
al.</td>
</tr>
<tr>
<td width="15%" valign="top">Abb. 3:</td>
<td width="85%">Phylogenetischer Baum 1, selbst erstellt</td>
</tr>
<tr>
<td width="15%" valign="top">Abb. 4:</td>
<td width="85%">Phylogenetischer Baum 2, selbst erstellt</td>
</tr>
<tr>
<td width="15%" valign="top">Abb. 5:</td>
<td width="85%">Mountplot 1, selbst erstellt</td>
</tr>
<tr>
<td width="15%" valign="top">Abb. 6:</td>
<td width="85%">Mountplot 2, selbst erstellt</td>
</tr>
<tr>
<td width="15%" valign="top">Abb. 7:</td>
<td width="85%">6687-6754, selbst erstellt</td>
</tr>
<tr>
<td width="15%" valign="top">Abb. 8:</td>
<td width="85%">6784-6824, selbst erstellt</td>
</tr>
<tr>
<td width="15%" valign="top">Abb. 9:</td>
<td width="85%">6687-6754, selbst erstellt</td>
</tr>
<tr>
<td width="15%" valign="top">Abb. 10:</td>
<td width="85%">6784-6824, selbst erstellt</td>
</tr>
<tr>
<td width="15%" valign="top">Abb. 11:</td>
<td width="85%">Mountplot 2 mit markierten Peaks, selbst erstellt</td>
</tr>
<tr>
<td width="15%" valign="top">Abb. 12:</td>
<td width="85%">Vergrößerung der markierten Peaks, selbst erstellt</td>
</tr>
<tr>
<td width="15%" valign="top">Abb. 13:</td>
<td width="85%">Sekundärstrukturen von CrPV, PSIV, ABPV, TSV, BQCV, Christian,
P. et. al.</td>
</tr>
<tr>
<td width="15%" valign="top">Abb. 14:</td>
<td width="85%">gefundene Regionen am Bsp. CrPV, Christian, P. et. al. - geändert</td>
</tr>
<tr>
<td width="15%" valign="top">Abb. 15:</td>
<td width="85%">Mountplot 2 mit Vergrößerungsausschnitt, selbst
erstellt</td>
</tr>
<tr>
<td width="15%" valign="top">Abb. 16:</td>
<td width="85%">Mountplot 2 Strukturen mit geringerer Wahrscheinlichkeit,
selbst erstellt</td>
</tr>
<tr>
<td width="15%" valign="top">Abb. 17:</td>
<td width="85%">Vorhergesagte Sekundärstruktur der gesamten IGR-IRES
Region, selbst erstellt</td>
</tr>
</table>
</body>
]]>