Auswertung der gewonnenen Sekundärstrukturen

Bewertungskriterien

Das Auftreten von consistent und im besonderen compensatory mutations unterstützt die Vorhersage eines Basenpaares, während non-consistent mutations der Konservierung struktureller Eigenschaften wiedersprechen.

Wir sprechen von consistent mutations, wenn für ein bestimmtes Basenpaar verschiedene Basenkombinationen in den verschiedenen Genomem gefunden werden. Mögliche Basenkombinatioen sind Watson-Crick-Paare (GC, CG, AU oder UA) und schwankende Paare (GU, UG). Sie werden durch einen Kreis um die variierende Position gekennzeichnet.

Wir erkennen compensatory mutations, wenn die Kombinationen GC und CG oder GU und UA auftreten, wobei beide Positionen mutiert sind. Sie werden durch Kreise um beide paarenden Basen gekennzeichnet.

Non-consistent mutations werden durch graue anstatt schwarze Buchstaben markiert.

Ergebnisanalyse

Wir haben einige kürzere Sequenzabschnitte bei den Comoviren und den Nepoviren gefunden, die glaubhafte Sekundärstrukturen ausbilden.
Mit fünf compensatory mutations besitzen die folgenden Strukturen eine besonders hohe Anzahl an konservierten Basenpaaren:
in der RNA1 der Nepoviren an den Sequenzpositionen
6212 bis 6226,
7516 bis 7542,
in der RNA2 des Nepovirus an den Positionen
2916 bis 2954,
4793 bis 4819,
sowie in der RNA1 der Comoviren zwischen den Basen
1718 und 1758.
Desweiteren wurden auch einige Strukturen mit vier compensatory mutations berechnet.

Es fällt die relativ hohe Anzahl an glaubhaften Sekundärstrukturen im Nepovirus auf, während wir in der RNA2 des Comovirus nur eine einzige brauchbare Struktur gefunden haben.

Literaturrecherche

Die Suche nach bereits dokumentierten RNA-Sekundärstrukturen des Comoviridae Genomes blieb ohne Erfolg. Die gesammelte Literatur befasst sich ausschließlich mit den Sekundärstrukturen einiger durch die Virusgattung Comoviridae kodierter Proteine [Ta99][Li00][Po02].

Aufgrund der großen Strukturähnlichkeit zwischen den Virengattungen Picornaviridae und Comoviridae [Ta99] wurde eine für Picornaviridae beschriebene Struktureigenschaft [Wi??] auf die Comoviridae angewendet. Die RNA2-Struktur des Nepovirus zwischen den Basen 1257 und 1291 besitzt einen hohen AC-Anteil in seinem Loop, was für ein cis-acting replication element (CRE) im kodierenden Bereich spricht. Die Funktion des CRE ist wahrscheinlich die Initiation der Synthese des Negativstranges der RNA während der Virusreplikation.