In Sekundärstrukturen von Nucleinsäuresträngen wechseln Paarstrangabschnitte, in denen sich komplementäre Basen mittels Wasserstoffbrückenbindungen paaren, mit Einzelstrangabschnitten, die als loops bezeichnet werden.
Konservierte Sekundärstrukturen sind Strukturen im Genom, die trotz Mutationen einzelner Nucleotide während der Evolution erhalten blieben sind. Da die Virusgenome eine sehr hohe Mutationsrate besitzen, u.a. um der Immunreaktion der Wirtsorganismen entgegen zu wirken, kann bei konservierten Sekundärstrukturen mit einer hohen Wahrscheinlichkeit vermutet werden, dass sie eine Funktionaltät besitzen.
Eine mögliche Funktionalität ist der Schutz vor dem Angriff von Nucleasen, die Nucleinsäurestränge in kleinere Stücke zerschneiden und somit das Genom zerstören. Dazu nehmen die Nucleinsäurestränge der Viren nach ihrer Freisetzung aus der Nucleokapsel, einem Proteinmantel zum Schutz vor schädigenden Umwelteinflüssen, sehr rasch eine Sekundärstruktur ein.
Die Virusgattung Comoviridea beschreibt Einzelstrang-RNS-Pflanzenviren. Sie sind von keiner äußeren Hülle (Peplos) umgeben, weshalb sie als nackt bezeichnet werden. Das Genom ist auf zwei RNS-Stränge unterschiedlicher Länge verteilt, die jeweils in einer eigenen Nucleokapsel eingeschlossen sind. Eine dritte, sehr leichte Nucleokapsel ist frei von RNS. [Sch98]
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