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| Praktikum-Modul 2: "Community Structures in biologischen Netzwerken" |
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Aufgabe.
Im Rahmen des Praktikums wurden die vorliegenden Daten von Neptungräsern des Mittelmeerraumes
in Hinblick auf mögliche Verwandtschaftsbeziehungen zwischen den Organismen verschiedener Wiesen
analysiert.
Es wurde anhand von Mirkrosatelliten untersucht, ob es sich bei unterschiedlichen Organismen um eventuell verwandte Organismen handelt, d.h. Organismen
die durch sexuelle Fortpflanzung entstanden sind.
Es wurde von jeder Probe die Anzahl der Repeats an sieben verschiedenen Loci festgestellt, mittels derer potentielle Verwandschaften bestimmt werden konnten (hier gibts eine genauere Beschreibung der Daten).
Im Anschluss wurde mit Hilfe des ClusterAlgorithmus "Chinese Whispers" [Biemann, C. (2006)] untersucht, wie sich
die Wiesen clustern.
Die Frage war, ob die Cluster geografisch verteilt sind, d.h. ob geografisch nah beieinander liegende
Wiesen eher ein gemeinsames Cluster bilden, als weiter entfernte oder ob eventuell andere Einflüsse
wie z.B. die Meeresströmungen eine entscheidende Rolle bei der sexuellen Fortpflanzung
von Neptungras spielen.
Alle Perl-Skripte finden sie hier.
Alle txt-files finden sie hier.
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Maria Herberg
Stephanie Kehr
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