#!/usr/bin/perl

#wandelt die biop-Files in die .mat files um
# biop datei als argument
# bis zum ersten . wird als matrixnamensgebung genommen!!

open(INPUT, "$ARGV[0]") || die "gibbds net zum oeffnen\n";
open(OUTPUT, ">$ARGV[0].mat") || die "kann net schreiben in das was ich dachte als datei zu wollen\n";


$name = ( $ARGV[0] =~ /([^\/\.]*).*$/)[0];

print "Nutze namen: $name\n";

$motif="";
$read=0;
$lines=0;

while(<INPUT>){
	
	if( ($read == 0) && ($_ =~ /^Motif #.*/)){
		$read=1;
		$motif= ($_ =~ /Motif #([0-9]+).*/)[0];
		print OUTPUT "M.${name}_motif_${motif}\n";
	}
	elsif( ($read==1) && ($lines==0)){
		if($_ =~ /Width \(.*/ ) {
			$lines= ($_ =~ /Width \(([0-9]+).*/)[0];
			print "LAENGE ist $lines\n";
		}
	}
	elsif( ($read==1) && ($lines > 0)){
		
		if($_=~/^[0-9]+/){
		
			@A= split (" ", $_);
			foreach $elem (@A){
				print "$elem ";
			}	
			print OUTPUT sprintf('%.0f', $A[1])." ". sprintf('%.0f', $A[2])." ".sprintf('%.0f', $A[3])." ".sprintf('%.0f', $A[4])."\n";
			$lines--;
			if($lines==0) {print OUTPUT "END\n\n"; $read=0;}
			
		}
	}
}

close(OUTPUT);
