Results of 123D+ run
Database of 4381 domains
Matrix: gonnet
Secondary structure prediction
Contact Capacity Potentials
Contact Capacity Potentials
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20 best hits:
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...
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--MAKFVIRPATAADCSDILRLIKELAKYEYMEEQVILTEKDLLEDGFGEHPFYHCLVAE
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.....
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...............
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MAKFVIRPATAADCSDILRLIKELAKYEYMEEQVILTEKDLLEDGFGEHPFYHCLVAEVP
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.........
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MAKFVIRPATAADCSDILRLIKELAKYEYMEEQVILTEKDLLEDGFGEHPFYHCLVAEVP
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seq 1auiB 586 189 0.00 -100000.00 119 9
s_m = 1139 s_ss = 22 s_cc = 72 go = -500 ge = -230
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seq 1ek8A 585 199 0.00 -100000.00 172 13
s_m = 1151 s_ss = 0 s_cc = 226 go = -500 ge = -350
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seq 1allA 570 180 0.00 -100000.00 175 24
s_m = 1195 s_ss = 9 s_cc = 14 go = -400 ge = -260
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seq 1tmy_ 553 185 0.00 -100000.00 127 21
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seq 3sdhA 548 183 0.00 -100000.00 149 18
s_m = 1204 s_ss = 14 s_cc = 82 go = -500 ge = -240
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seq 1cliA 544 203 0.00 -100000.00 139 12
s_m = 1485 s_ss = 26 s_cc = 116 go = -700 ge = -400
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seq 1awcB 542 180 0.00 -100000.00 142 11
s_m = 937 s_ss = 27 s_cc = 184 go = -500 ge = -170
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seq 1bd8_ 517 187 0.00 -100000.00 142 10
s_m = 995 s_ss = -3 s_cc = 100 go = -400 ge = -170
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-MAKFVIRPATAADCSDILRLIKELAKYEYMEEQVILTEKDLLEDGFGEHP-FYHCLVAE
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seq 1qgwC 516 186 0.00 -100000.00 179 26
s_m = 1028 s_ss = -2 s_cc = 142 go = -500 ge = -180
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MAKFVIRPATAADC-------SDILRLIKELAKYEYMEEQVILTEKDLLEDGFGEHPFYH
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seq 1allB 513 185 0.00 -100000.00 176 23
s_m = 1222 s_ss = -3 s_cc = 112 go = -500 ge = -340
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MAKFVIRPATAADC-------SDILRLIKELAKYEYMEEQVILTEKDLLEDGFGEHPFYH
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CLVAEVPKEHWTPEGHSIV----GFAMY---YFTYDPWIGKLLYLEDFFVMSDYRGFGIG
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SEILKNLSQVAMRCRCSSMHFLVAEWNEPSINFYKRRGASDLSSEEGWRLFKIDKEYLLK
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seq 1id0A 513 195 0.00 -100000.00 120 13
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MAKFVIRPATAADCSDILRLIKELAKYEYMEEQVILTEKDLLEDGFGEHP-----FYHCL
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seq 1volA 443 174 0.00 -100000.00 104 12
s_m = 746 s_ss = 33 s_cc = 134 go = -300 ge = -180
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seq 1svy_ 442 181 0.00 -100000.00 105 6
s_m = 786 s_ss = 8 s_cc = -126 go = -200 ge = -100
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seq 1a3aA 440 198 0.00 -100000.00 123 6
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