CASP Targets

Sequence Tests

1. Targets zu denen homologe Proteine gefunden wurden
• T0143 → 1DT2 (E-value:4e-19); 1QTF (E-value:2e-18)
• T0158 → 1JJI (E-value:3e-24); 1EVQ (E-value:5e-16)
• T0164 → 1IO0 (E-value:2e-76 !); 1PGV (E-value:8e-23)
2. Targets zu denen vorerst keine homologen Proteine gefunden wurden


• T0133, T0160 und T0192

T0133 → 1eyh | 1hf8 | 1hg5 | 1hx8
T0143 → 1dt2 | 1qtf
T0158 → 1evq | 1jji
T0160 → 1m1s | 1msp
T0164 → 1pgv
T0192 → 1qs0 | 1qsm

Sequenzhomologe aus der PDB

T0143

a: Protein 1dt2 allein	b: Target T0143 auf 1dt2 gelegt	c: T0143 anhand von 1dt2 allein
a: Protein 1qtf allein	b: Target T0143 auf 1qtf gelegt	c: T0143 anhand von 1qtf allein

T0158

a: Protein 1evq allein	b: Target T0158 auf 1evq gelegt	c: T0158 anhand von 1evq allein
a: Protein 1jji allein	b: Target T0158 auf 1jji gelegt	c: T0158 anhand von 1jji allein

T0164

Target anhand des Proteins 1io0
a: Protein 1pgv allein	b: Target T0164 auf 1pgv gelegt	c: T0164 anhand von 1pgv allein

Proteine der Fold Recognition

T0133

a: Protein 1eyh allein	b: Target T0133 auf 1eyh gelegt	c: T0133 anhand von 1eyh allein
a: Protein 1hg5 allein	b: Target T0133 auf 1hg5 gelegt	c: T0133 anhand von 1hg5 allein
a: Protein 1hg5 allein	b: Target T0133 auf 1hg5 gelegt	c: T0133 anhand von 1hg5 allein
a: Protein 1pgv allein	b: Target T0133 auf 1pgv gelegt	c: T0133 anhand von 1pgv allein

T0160

a: Protein 1m1s allein	b: Target T0160 auf 1m1s gelegt	c: T0160 anhand von 1m1s allein
a: Protein 1msp allein	b: Target T0160 auf 1msp gelegt	c: T0160 anhand von 1msp allein

T0192

a: Protein 1qs0 allein	b: Target T0192 auf 1qs0 gelegt	c: T0192 anhand von 1qs0 allein
a: Protein 1qsm allein	b: Target T0192 auf 1qsm gelegt	c: T0192 anhand von 1qsm allein

Prosa Prosa berechnet für eine gegebene Protein Struktur einen Energy Graphen, die blaue Linie entspricht der PDB Vorlage und die grüne Linie unserem Modell. Je geringer der Energy Wert ist, desto stabiler ist die Struktur an dieser Stelle. Man erkennt daran in welchem Abschnitt das Modell stabil ist und wo nicht. T0133 → 1eyh | 1hf8 | 1hg5 | 1hx8 T0143 → 1dt2 | 1qtf T0158 → 1evq | 1jji T0160 → 1m1s | 1msp T0164 → 1pgv T0192 → 1qs0 | 1qsm

ProFit

ProFit berechnet den mittleren Abstand aller Residuen für zwei gegebene Protein Strukturen. Je kleiner der Abstand ist, desto besser passt das Modell an die Vorlage.

Ein guter mittlerer Abstand liegt bei ca 2Å. Unsere Werte sind so hoch, weil wir dem ProFit nur die beiden Struktur Dateien und nicht zusätzlich das Alignment der Aminosäuren eingegeben haben. Die in der Tabelle angegeben Werte sind deshalb nicht aussagekräftig.